HPV病毒的治療根據高危型或者低危型病毒感染則治療不同。
HPV病毒如果是低危型感染，一般跟尖銳溼疣相關，多發生在外生殖道，比如外陰或者肛周，對於這種情況可以考慮給予重組人干擾素a2b凝膠外用，結合鐳射治療切除疣體，也可以配合口服抗病毒藥物，比如阿昔洛韋片。
HPV感染如果是高危型感染，因為此型跟宮頸癌的發生密切相關，特別是HPV16和HPV18型，建議結合宮頸TCT檢查，必要時做電子陰道鏡和宮頸組織多點活檢進一步確診，如果檢查結果都正常，可以每半年到一年複查宮頸癌篩查，如果檢查單純只是HPV高危感染，可以給予保婦康栓外用和干擾素治療，用藥三至四個月，經期停藥，半年複查HPV，有性生活者需用避孕套，避免交叉感染，另外如果活檢提示宮頸CIN2級，可能需要行宮頸LEEP手術，如果CIN3級則需要行宮頸錐切或者子宮切除術。
總之，對於HPV病毒感染查明分型很重要，這直接關係到後面的治療和相關檢查。
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