橋本甲狀腺炎是自身免疫性甲狀腺炎的一種，目前的治療手段對消除該病尚無可靠方法，只能針對甲狀腺大小和甲狀腺功能異常可作對症處理。
如甲狀腺功能正常，甲狀腺小、無明顯壓迫症狀者，可隨診觀察，若腫大的甲狀腺壓迫鄰近器官或影響外觀，可甲狀腺激素可使甲狀腺縮小，而且多數病例會最終轉變為甲減，早期用藥比最終好。
橋本病出現甲狀腺功能減低者以甲狀腺激素替代，小量開始，逐漸加量，直到腺體縮小，敏感TSH降至正常。當橋本病出現甲狀腺功能亢進時若為一過性可使用β受體阻滯劑，即使使用抗甲狀腺藥物也應選擇小劑量、短時應用；若為橋本甲亢應按毒性瀰漫性甲狀腺腫治療，不宜手術和碘131放療，除非抑制治療後甲狀腺腫大壓迫或懷疑惡變才手術。糖皮質激素可以使腫大的甲狀腺變小，使抗體滴度下降，但停藥後可再復發而且藥物有潛在不良反應，故不推薦使用。
橋本甲狀腺炎大多預後良好，但有自然發展為甲減趨勢，以往認為是永久的，部分有替代治療後甲功自發恢復的情況。此外，本病有發展為淋巴瘤危險，甲狀腺癌發生率高於對照人群。
所以，橋本甲狀腺炎是一種自身免疫性炎症，一般無法根治，最終都會轉化為甲減，但部分甲減是可以恢復的。
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