醫學上的不明原因發熱是指發熱持續3周以上，體溫超過38.3℃，並且住院3天或3次門診就診仍未診斷明確的發熱。不明原因發熱一定要及時住院，查明病原體，然後才能對病因治療。臨床上很多不明原因的發熱可能跟一些重大或嚴重的疾病相關性，比如說腫瘤、艾滋病、結核病、免疫風溼類疾病等見疾病。
發熱的原因多種多樣，一般分為感染性發熱和非感染性發熱。感染性發熱的原因常常是由於細菌、病毒、真菌、支原體、衣原體、立克次體等入侵機體所引起感染。對於細菌感染，如呼吸系統感染性疾病肺炎、肺膿腫及膿胸等，臨床上可通過做血常規、降鈣素原和細菌培養等檢查明確病原體，治療上主要是使用抗生素抗炎治療，炎症消除後，才可控制發熱，對於耐藥的細菌感染，需結合藥敏實驗選擇有效的抗生素進行抗炎治療。結核菌感染也可引起長期的發熱（如肺結核，腸結核等），結核菌感染的發熱臨床表現一般為午後低熱，X線、CT檢查或結核菌素實驗可以幫助診斷。對於非感染性的發熱，比如說一些惡性腫瘤、免疫性疾病、風溼等，首先要查明病因，然後才能對症治療。
所以對不明原因的發熱，一定不能盲目的去使用退熱藥。因為盲目使用退熱藥可能會掩蓋病情，導致誤診而耽誤治療，這樣不僅不能有效控制體溫，同時也會增加退熱藥對身體肝腎損傷的風險。因此，建議在未查明原因之前用物理降溫，不宜盲目使用退熱藥。
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