脂肪除了儲存能量，還會分泌激素、參加身體炎症反應，影響內分泌，從而引起一些相關的疾病，糖尿病就是其中比較有代表性的疾病之一。早在2014年，我國就已經將減重代謝手術列為糖尿病的標準治療方案之一。
現階段用來治療糖尿病的減重代謝手術多為胃旁路手術，有著治療糖尿病的"金標準"術式之稱。胃旁路手術通過降低體重、減少飲食和吸收、改善激素分泌等多種方式將血糖維持在一個較低的水平，使糖尿病患者可以通過殘存的胰島分泌能力完成血糖調控，所以在治療效果上要比藥物治療更加穩定。
除了糖尿病，多囊卵巢綜合症也是在女性肥胖者身上常見的一種伴發症。肥胖尤其是中心性肥胖形成的高胰島素血癥會過度刺激卵巢組織類固醇激素的合成與分泌,區域性雄激素生成的增加可導致成熟前卵泡調亡閉鎖，出現多囊卵巢綜合徵，導致患者無排卵或稀發排卵。而做完減重代謝手術之後這一症狀可以得到明顯好轉。
近來，還有研究顯示減重代謝手術還可以對甲狀腺素的分泌造成影響，或可作為治療甲狀腺功能衰退的新方法。
減重代謝手術對內分泌系統的影響是多因素共同作用的結果，除了減輕體重以外，良好的生活習慣對改善內分泌也能起到重要的作用。
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