用於治療肥胖及肥胖伴發症的縮胃手術和用來治療胃癌的手術有著不少相似之處，最為明顯的一點就是他們都需要切除一部分胃來達到治療的目的，在做完手術之後也都需要長時間的護理以避免手術併發症的出現，而且在做了胃癌手術之後的一段時間裡，患者也可以獲得一定的減肥效果，但從醫生的角度來看，這兩種手術卻是大相徑庭。
胃癌手術是在患者胃部發生癌變並處於早期時的一種治療方式，根據患者癌變發生的位置來確定手術的位置，有全胃切除、近端胃切除、遠端胃切除幾種，其目的是為了防止癌變進一步擴散，且做完手術之後可能會對胃的正常功能造成影響。
而縮胃手術的手術是專門用於治療肥胖症以及肥胖引起的各種伴發症，手術方式基本固定。在手術時順著胃大彎的走行方向保留2-6cm的幽門以上胃竇，沿胃長軸切除胃的大部，使殘留的胃呈"香蕉狀"容積在60-80ml左右，保留了胃的完成結構，不會對正常生活造成太大的影響。
從手術性質上來看縮胃手術和胃癌手術也完全沒有可比性，胃癌手術是治療性手術，就像生病了需要醫治一樣，同樣也會有復發的可能；而縮胃手術除了治療還具有預防的作用，做完手術之後不僅可以讓患者恢復到正常體重，在減重代謝中心完善的術後管理下，還能長期保持手術的效果，比起胃癌手術要更加有保障。
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