Y染色體微缺失的型別主要有以下幾個方面：
1、Y染色體短臂微缺失，臨床表現為無精症，小睪丸，由於睪丸發育不良，生精功能異常，從而導致不育。
2、Y染色體長臂微缺失，臨床表現為無精症或少精症，部分患者性功能基本正常，有時有早洩。
3、Y染色體微缺失嵌合型，臨床表現均為少精症，性功能障礙程度不同，妻子未孕，或者妊娠早期胚胎停止發育而自然流產。
4、X和Y染色體微缺失結合型，即X染色體長臂和Y染色體長臂都有微缺失，臨床表現原發不育，小睪丸，無精症，第二性徵發育不良;可能兩種微缺失有累加遺傳效應或協同基因效應，而影響睪丸發育不良，精子生成障礙。
5、Y染色體微缺失易位型，易位都涉及到Y染色體微缺失，臨床表現均為精子生成障礙、少精症。
6、Y染色體臂間倒位，由於Y染色體長臂明顯變小，也可將其列入Y染色體微缺失，患者為Y染色體臂間倒位攜帶者，表型正常，臨床表現為少精症，其妻妊娠1次因胚胎髮育停滯而流產，以後再未孕。
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