在進行肉毒毒素治療疤痕時，首先我們需考慮以下3個問題：是否因瘢痕存在功能障礙？是否存在瘢痕增生引起的痛、瘙癢等症狀？瘢痕是否對美觀產生比較大的影響？符合以上條件的患者，可以進行肉毒毒素治療。
肉毒素治療之後可以減輕切口張力，從而減少瘢痕的形成；可以使增生性瘢痕變軟、變平，減少瘢痕的增生；減輕瘢痕引起的痛癢感。
A型肉毒毒素可以影響瘢痕組織中轉化生長因子B(TGF-B)的生成；可以抑制人增生性瘢痕成纖維細胞的增殖以及膠原蛋白的合成；A型肉毒毒素也會影響增生性瘢痕成纖維細胞的生長週期，使大部分細胞由功能活躍的增殖期轉入靜止期，合成能力減弱。
同時肉毒毒素可抑制神經末梢釋放P物質，從而減輕瘢痕頑固性痛癢感；直接作用於傷害感受器，在神經傳入中樞通路中起到抗傷害性感受作用；此外，肉毒毒素或其降解產物可作用於脊髓水平而減輕疼痛。
肉毒毒素注射可引起紅腫、疼痛、紅斑、腫脹、瘀血等，注射後即刻冷敷，可以明顯減少此類不良反應。肉毒毒素注射後還有可能導致特應性反應，包括頭痛、感冒、噁心皮疹、瘙癢、變態反應等，這些反應不多見，一般可以自行痊癒。
研究發現，肉毒毒素能更好減輕瘢痕頑固性的痛癢感，抑制瘢痕增生；激素治療無效的瘢痕，亦可用注射肉毒毒素治療。
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