相對而言，兒童肛瘻較少，但出生後3個月內的嬰兒，以及未滿1週歲的幼兒，也常會出現肛門腫痛、化膿並形成肛瘻的情況，因與大人肛瘻的病因和臨床特點有所不同，故稱之為嬰幼兒肛瘻。目前對嬰幼兒肛瘻的病因認識尚有爭議，有人認為嬰幼兒肛瘻與男性激素有關，依據是嬰幼兒肛瘻多見於男性嬰幼兒，男女之比約為9：1。也有人認為是由於嬰幼兒面板嬌嫩，用尿布過硬或便後擦手紙等不小心，擦傷面板引發的。
由於小兒肛瘻管道較為短淺，排膿後症狀可很快減輕，多數可自愈，部分患兒隨年齡增長而自愈，因此，一般主張採取不開刀的保守治療。一旦發生嬰幼兒肛瘻後要及時進行對症處理，如每日清潔肛門並坐浴，使用柔軟的尿布，並適當使用抗生素及外用消炎藥膏，控制和減少膿腫的發生、發展等，加速自愈。對反覆發作不能自愈的患兒，要擇期至能承受手術時，再進行手術治療，手術年齡以5～10歲為宜。
注：此資訊源于網路收集，如有健康問題請及時咨詢專業醫生。