新生兒在吃奶後半小時左右吃益生菌最好，並且多在新生兒出現腹瀉、腹脹、消化不良等症狀時選擇服用。
益生菌屬於活性菌，主要定植於腸道，幫助調節腸道菌群環境以及幫助人體消化吸收等。而人體胃內儲存有胃酸，會殺滅益生菌，因此需要選擇胃酸相對較少的時候服用益生菌。新生兒吃奶後半小時左右，胃酸被中和稀釋而相對減少，此時服用益生菌，更有利於其存活併成功進入腸道內定植。另外，需要在新生兒有消化道症狀時才服用益生菌，因為益生菌對人體並不是完全無害。
因為高溫會滅活益生菌，因此建議溫水服用益生菌，水溫最好不超過40℃。另外，要注意不在空腹或睡前服用益生菌，以免引起胃腸道不適。
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