亞臨床甲減是否可自愈，應結合不同病因分析。如藥物相關性亞甲減，停藥後3-4周即可自愈，而自身免疫性亞甲減，自愈可能性小。
亞臨床甲狀腺功能減退症可根據不同情況給予不同治療，並非所有患者均需終身服藥，如為服用甲亢藥物過量導致亞甲減，通常停藥3-4周左右即可自愈。臨床常根據甲狀腺功能指標進行治療，如TSH指標在4-10mIU/L之間，不主張藥物治療，可定期監測指標。部分亞臨床甲減患者可能恢復至正常，或終身維持穩定的TSH水平，並不影響患者生活。若TSH大於10.0mIU/L，以及孕期亞臨床甲減，均需給予左甲狀腺素鈉片進行替代治療。
亞臨床甲減飲食以普通清淡飲食為主，可適量攝入碘，但應避免高碘飲食，以免加重甲狀腺損害。
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