手術切除病變是主要治療方法，如病變侷限在包皮，可作包皮環切術，有統計複發率可達半數左右。腫瘤侵犯陰莖頭，亦可作陰莖部分切除術，一般距腫瘤2釐米處切除即足，在切除時斷端冰凍檢查無腫瘤。
陰莖癌臨床上未觸及腹股溝腫大者，目前不主張常規腹股溝淋巴結清除術，因為半數以上病人可能不存在轉移病灶，而清除手術所引起的面板壞死、感染、肺栓塞以及後期的下肢淋巴水腫相當常見，給患者帶來不必要的痛苦。如果臨床上有可疑的轉移灶(即淋巴結增大者，可以取活檢，必要時行連續切片檢查，有轉移者行淋巴清除術。一般不主張常規兩側同時行淋巴結清除術。
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