口服避孕藥目前在絕大多數地區都是最受歡迎的避孕方式。儘管理論上如果正確使用，口服避孕藥的避孕效果可以達到 99％，然而由於服用劑量錯誤、藥物相互反應或者某些疾病影響，有大約 9％ 的口服避孕藥使用者會在使用的第一年懷孕，還有一些女性會在停用避孕藥之後很快懷孕。這都會導致她們的胎兒暴露在外源性性激素(比如孕酮)的環境中。
迄今為止，只有一些關於口服避孕藥安全性的研究，而並沒有關於在懷孕前或者懷孕中服用了避孕藥與新生兒健康之間關係的研究。這些母親體內迴圈的外源性性激素是否會對胎兒產生有害影響、這些迴圈的外源性性激素的作用多久才會被消除，這些問題目前都尚不清楚。
以前有文獻報道，外源性性激素能增加血漿維生素 A 濃度，而維生素 A 則能夠致畸。還有文獻稱口服避孕藥能夠降低血清葉酸濃度，這也可能導致許多出生缺陷。
為了研究妊娠早期使用口服避孕藥究竟是否能增加新生兒出生缺陷的風險，丹麥流行病研究中心的 Ditte M?lgaard-Nielsen 教授統計了從 1997 年 1 月到 2011 年 3 月在丹麥註冊出生的 880694 名符合條件的新生兒並設計了一項佇列研究，相關結果發表在近期的 British Medical Journal 上。
丹麥國家處方登記中心有每個公民從 1995 年開始的處方記錄，由於避孕藥的使用實在是太過於廣泛，研究人員將人群分成了遠期避孕藥組(懷孕前超過 3 個月未服用過避孕藥，此為對照組)、近期使用組(懷孕前 3 個月內服用過避孕藥)和懷孕後使用組三個組。
研究人員發現，與對照組(即懷孕前超過 3 個月未服用過避孕藥組)相比，剩下的兩個組的女性普遍更年輕、未婚先孕的比例更大、受教育水平更低、收入更低，並且大多為初產婦、懷孕時抽菸的概率也更大。
即便是在這樣的背景下，研究人員發現以上三組人群中重大出生缺陷的發生率為 25/1000、24.9/1000 和 24.8/1000。也就是說母親在妊娠早期使用口服避孕藥並不能增加新生兒出生缺陷的風險。
研究人員進一步對各個系統的出生缺陷進行了分項統計，尤其針對曾有文獻報道過的左心發育不全綜合徵、腹裂、肢體缺陷和尿路異常進行了統計，然後發現口服避孕藥並不能增加任何一個系統的出生缺陷風險。
總之，研究人員認為母親在懷孕前數月或者懷孕後口服避孕藥並不能明確增加重大出生缺陷的風險。對於那些在口服避孕藥時突然發現自己懷孕了的母親，大可不必擔心自己體內外源的性激素會增加自己寶寶出生缺陷的機率。
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