偶爾一次的睡眠呼吸暫停雖然可引起體內一些短暫改變，但不會對人體的健康造成多大危害，然而這種窒息長期反覆發生，夜復一夜，年復一年，其危害就不可等閒視之了。
1、心血管系統：
(1)高血壓：40％～60％的阻塞型睡眠呼吸暫停綜合徵患者有高血壓病史，與其他高血壓患者不同的是，他們的血壓大多在早晨最高，清晨頭痛、頭暈明顯，單純藥物治療效果差。有效治療呼吸暫停後，高血壓常可下降，有的甚至可降至正常範圍。
(2)肺動脈高壓、肺心病、右心功能衰竭：10％～20％的睡眠呼吸暫停綜合徵患者會出現動脈高壓，中、重度睡眠呼吸暫停綜合徵患者肺動脈高壓的患病率可達55％，在合併有肺部疾患(如慢性支氣管炎、肺氣腫)，睡眠呼吸暫停更易導致肺動脈壓升高，加重右心室及右心房的工作負荷而出現肺心病、右心功能衰竭，主要表現為腿腫、氣短。在我國，右心功能衰竭的最常見的原因是慢性支氣管炎及肺氣腫，但我們發現無肺臟疾病史的肥胖患者，患多年的睡眠呼吸暫停後，也可出現右心功能不全的臨床表現。
(3)左心功能改變：超聲心動圖及屍體解剖發現，長期發生睡眠呼吸暫停可以使左心重量增加、心室壁增厚、心臟每次搏動射出的血量減少，應用氣道正壓通氣治療改善睡眠呼吸暫停後，這些病理改變隨之改善。
(4)缺血性心臟病：缺血性心臟病主要包括心絞痛、心肌梗死，缺氧是引起心絞痛的重要原因。研究表明，睡眠呼吸暫停是缺血性心臟病的危險因素之一。動態心電圖檢查發現，睡眠呼吸暫停綜合徵患者在睡眠過程中的ST段下降的發生十分頻繁，提示心臟缺血缺氧。尤其是原有心臟病的患者，呼吸暫停引起的缺氧、自主神經功能紊亂、合併高血壓等因素會加速動脈硬化的發展，誘發心絞痛甚至心肌梗死。
(5)心律失常：睡眠呼吸暫停綜合徵患者睡眠時心率快慢交替，心率波動幅度較大，多為竇性心動過速，但也有短陣房性或室性心動過速，慢者出現心臟傳導阻滯、心臟停跳，幾乎有一半的睡眠呼吸暫停綜合徵患者會出現各種各樣的心律失常，有些甚至是致命的。單純治療睡眠呼吸暫停常可取得良好效果。但易被誤診為心臟病而誤治。
2、神經系統：
(1)腦血管病：我們知道，腦血管意外即通常所說的中風好發於夜間，一夜之間，病人就會口眼歪斜，肢體癱瘓。研究發現，睡覺時打鼾及呼吸暫停可以增加腦血管病的發病率及死亡率。53％以上的男性腦血管患者有長期習慣性打鼾史，35％的患者腦血管意外發生在睡眠時，與打鼾及呼吸暫停密切相關。越來越多的證據表明，打鼾及呼吸暫停是腦血管病的一個獨立危險因素，對腦血管意外的發生及病情加重有十分重要的作用。
(2)過度嗜睡：睡眠呼吸暫停引起的頻繁覺醒會嚴重擾亂患者的睡眠，深睡眠期減少甚至消失，患者長期處於睡眠不足的狀態。白天嗜睡的嚴重程度與睡眠呼吸暫停綜合徵的嚴重程度密切相關。白天睏倦嗜睡，會嚴重影響工作、學習、生活，尤其是司機、從事高空作業的患者，意外事故發生率很高，可危及自己及他人的生命安全。
(3)精神及心理危害：智力減退、性格及行為異常，與睡眠呼吸;暫停綜合徵的關係已十分明確;睡眠呼吸暫停綜合徵患者與家庭成員、同事間的人際關係常不太融洽;抑鬱症等精神疾病也可見於睡眠呼吸暫停綜合徵患者;有的研究還發現，睡眠呼吸暫停與老年痴呆症的發生也有一定關係。
(4)內分泌代謝系統：性慾減退或陽痿在男性睡眠呼吸暫停綜合徵患者中較為常見。統計資料表明，50例睡眠呼吸暫停綜合徵患者中，44％的有不同程度的性機能障礙，近來的研究還表明，睡眠呼吸暫停引起的內分泌代謝機能紊亂，可以加重肥胖。
(5)血液系統：很多睡眠呼吸暫停綜合徵患者血中的紅細胞增多，血紅蛋白大於每升160克，超過正常範圍，血液粘稠度增加，這是由於長期呼吸暫停引起機體缺氧，血液中的紅細胞為了更多地攜帶氧氣而代償性增生所致，機體內其它內分泌素含量的變化而引起的排尿增多致血液濃縮等因素也是造成血中紅細胞增多的重要因素。
(6)腎臟功能：睡眠呼吸暫停綜合徵患者夜間睡眠時尿量增多，次數可達3次以上，部分患者尿中蛋白含量增加。
許多疾病的死亡率都在夜間增加，特別是一些原因不明的突然死亡，即猝死，常常發生在夜間。醫生往往將其歸因於心跳驟停，但不少患者心跳驟停的原因不明瞭。睡眠呼吸暫停綜合徵就是引起夜間猝死的元凶之一。460例猝死患者經過屍體解剖發生，呼吸暫停是心血管疾病患者夜間死亡的危險因素之一，習慣性打鼾者夜間的死亡率也增加。近年來的研究也顯示，未經治療的睡眠呼吸暫停綜合徵患者5年死亡率為11％～13％;每小時呼吸暫停超過20次的患者，8年病死率高達37％;每小時呼吸暫停小於20次的患者，病死率只有4％;經過氣管切開手術或正壓通氣有效地治療後，死亡率也明顯下降;而單純耳鼻喉科手術切除口咽部的軟組織，治療常會失敗，不能改善患者的存活率。我們曾總結了70例病情嚴重程度不同的睡眠呼吸暫停綜合徵患者，發現睡眠呼吸紊亂次數超過每小時40次的重症患者平均年齡只有45歲左右，明顯低於病情較輕組患者的平均年齡;臨床上也發現，超過65歲的重症患者很少，提示重度睡眠呼吸暫停綜合徵患者的壽命縮短。
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