尿道下裂遺傳傾向：
先天性尿道下裂可能通過常染色體顯性或隱性遺傳方式進行，也可能有多個因素的遺傳模式。有文獻提示，如果已有一個患有尿道下裂的孩子，再生育的男孩患尿道下裂的概率大於20％。已經發現尿道下裂的染色體突變有十餘種，相關染色體有十餘條，例如16p13.3區突變。
常染色體異常或性染色體異常都可導致先天性尿道下裂。 性激素及環境雌激素的影響 現已發現在母親妊娠期，尤其在3個月前使用過雌激素或孕激素者可增加尿道下裂的發病率。試驗證明，雌激素汙染可影響美洲鱷的陰莖生長髮育。這是環境雌激素的影響。有人調查發現，在生產雌激素工廠工作的女工生育尿道下裂患兒的風險較高。殺真菌藥劑(procymidone)是一種雄激素受體拮抗劑，可阻止雄性生殖器的發育。
除草劑利谷隆(linuron)能競爭性抑制雙氫睪酮依賴性基因的表達 生產聚氯乙烯、鋁、紙和紙漿的過程中，有二噁英及二噁英樣化合物釋放，極小量二噁英即可改變胎兒雄激素依賴組織的分化。野生動物受到外源性物質的影響，致使動物園內北極熊子代產生尿道下裂就是最好的例證。
不良生活習慣和嗜好：
孕婦吸菸可增加鎘在胎盤的沉積，增加尿道下裂的風險。酗酒可致胎兒多種畸形，當然也包括尿道下裂，大約有30％的過量飲酒孕婦所生嬰兒有典型酒精綜合徵，即發育遲緩、小眼、小頭、關節畸形、上頜發育差、顎裂、心血管畸形和生殖器畸形等。此外，氣候也有影響，冬天受孕者其尿道下裂發生概率高一些。
預防措施
基於尿道下裂發生原因複雜，不可能完全避免這種疾病的發生，但應儘可能避免那些高危因素的影響。今後有可能測定等位基因變異狀況，以避免高危遺傳因素。受孕前後也要避免高危環境因素的影響，婦女在受孕前3個月就應停用口服避孕藥而採用其他方法避孕。
受孕期間，尤其是前數月，應少逛商場，少吃或不吃含雌激素的飲料和食物，尤其是用激素培育出來的鱔魚、甲魚、雞、鴨和蛋，避免接觸農藥和除草劑，不斷努力改善生活環境，一定會有良好的作用。
注：此資訊源于網路收集，如有健康問題請及時咨詢專業醫生。