消化系統疾病為臨床上的常見病、多發病，根據病情需要，正確選擇檢查專案是非常重要的。隨著高科技和大型醫療裝置在診療中的應用，現在臨床上常用的檢查專案很多，但並非新裝置、高價格就是最好的檢查專案，只有針對具體病情，選擇恰當的檢查專案，才能達到最佳結果。
一、實驗室檢查
糞隱血試驗及尿三膽試驗均為簡單而有價值的檢驗方法。胃液分析及十二指腸引流對於胃及膽道疾病可提供診斷的依據。肝功能檢查專案多，意義各異，應適當選擇。細胞學檢查對食道、胃及結腸癌的診斷頗有幫助。腫瘤標誌物的檢查，如AFP、CEA及CA19-9都有一定價值。自身抗體檢查如抗線粒體抗體等對消化系自身免疫性疾病的診斷有一定幫助。
二、內窺鏡檢查
胃鏡檢查
胃鏡的作用主要有診斷和治療兩個方面。由於它具有直接、可重複觀察的特點，加上必要的活檢，可確診幾乎所有的胃黏膜病變。但胃鏡檢查有嚴格的適應症和禁忌症。
1) 適應症。凡有上腹部不適、懷疑有胃病，經過檢查不能確診者;X線檢查發現潰瘍、腫物及其他病變不能明確性質者;急性胃出血及慢性原因不明失血者;各種胃病如胃炎、胃術後、胃潰瘍的隨診;息肉治療、異物取出等。
2) 禁忌症。急性咽炎、食管化學燒傷、休克、重症心臟病及肺病、精神病或不配合病人都不宜行胃鏡檢查。胃鏡檢查雖比較安全，但也可有咽後壁、食管及胃穿孔等危險，誘發心絞痛或心肌梗死等併發症。
腸鏡檢查
腸鏡檢查主要是進行大腸檢查，全結腸鏡亦可進行部分迴腸檢查。此檢查也有適應症和禁忌症。
1) 適應症。腹部包塊尤以下腹包塊需明確診斷者;便血者;慢性腹瀉或長期進行性便祕者;消瘦、貧血者;結腸、直腸術後隨診者;X線鋇劑灌腸懷疑有結腸病變者;需行結腸腔內手術、鐳射治療者。
2) 禁忌症。腹膜炎、腸穿孔、腹腔內廣泛粘連者;癌腫晚期伴有腹腔內廣泛轉移者;細菌性痢疾活動期者;直腸、肛管、肛門周圍急性炎症病變者;有嚴重的心腦血管病，對檢查不能耐受者。電子腸鏡併發症比胃鏡多見，主要有腸穿孔、腸出血、腸撕裂傷、心血管意外等，但根據醫生操作經驗有關。
三、B超檢查
B超操作簡單，具有對患者無損害、無痛苦、檢查結果迅速及時、可反覆多次檢查等優點。B超檢查主要適合於肝、膽、胰、腎。
1) 肝臟。觀察肝的形態、大小、邊緣狀況、位置;肝內佔位性病變，如肝實質瀰漫性損害，如肝癌、肝硬變、脂肪肝;肝周圍膿腫、血腫、阻塞性黃疸的鑑別診斷;超聲指導下肝穿刺術。
2) 膽囊。急慢性膽囊炎、膽石症、息肉、腫瘤等;
3) 胰腺。急慢性胰腺炎、假性囊腫、真性囊腫、胰腺癌、轉移性腫瘤，胰島細胞瘤等。
4) 腎臟。如腎癌、腎囊腫、腎盂積水等。
四、X線檢查
消化道鋇餐和鋇灌腸檢查有助於瞭解整個胃腸道動力狀態，對腫瘤、潰瘍、憩室的診斷有一定幫助，近來應用氣鋇雙重造影已提高了陽性率。膽管膽囊造影有助於瞭解膽囊濃縮功能，判斷有無結石;經皮肝膽管造影可區別梗阻性黃疸的原因。選擇性腹腔動脈造影對肝臟及其他腫瘤，消化道出血等都有診斷價值。CT和MRI已用於腹內腫瘤的診斷，病人樂於接受。肝靜脈及下腔靜脈測壓及造影，血流量和耗氧量測定有助於柏一查綜合症及肝癌的診斷。
五、CT檢查
CT是臨床上較先進的檢查手段。其特點為敏感度高，可反映出輕微的密度改變，達到早期診斷的目的。腹部CT主要檢查實質性臟器及空腔臟器的實質腫塊性病變、如肝癌、肝囊腫、肝硬變;脾臟大小及脾結核;膽囊炎、膽石症、息肉、腫瘤;胰腺炎、胰腺癌及囊腫及少數空腔臟器病變(如小腸淋巴瘤)。但是CT對空腔臟器胃、小腸、大腸病變如炎症、潰瘍、出血等無檢查意義。
六、壓力測定
食管壓力與活力及膽道壓力測定測定：食管下端腔內壓力，對診斷反流性食管炎很有價值。瞭解食管各段的活力，對診斷和鑑別食管運動性疾病如食管賁門失馳緩症等很有幫助。通過內鏡插管膽道測壓，對膽道不全梗阻，硬化性膽管炎、膽道閉鎖、乳頭括約肌功能障礙等的診斷均有幫助。
七、活體組織檢查
肝穿刺活組織檢查，對慢性肝病的確定診斷是最有價值的方法之一。目前多采用細針抽吸法，極少引起出血的危險。小腸活組織檢查，經口腔將小腸活檢器送至空腸或迴腸(可經內鏡引導通過幽門)，採取粘膜組織進行病理檢查，對腹瀉和小腸吸收不良很有診斷價值。檢查時應嚴格掌握適應證。此外，內鏡直視下活組織檢查、在B型超聲引導下進行實質性腫塊的細針經皮穿刺活體組織細胞學檢查及外科手術活組織檢查等，均可作出病理診斷。
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