治療色素痣的方法有很多，包括手術切除術、化學藥物剝脫法、液氮冷凍、鐳射、電灼、微波等多種多樣。雖然各種方法都有療效，但具體到不同個人、不同部位、不同的痣、卻各有千秋，我們可以優中選優。
1、色素痣治療以手術切除為首選，此法安全、徹底，同時又可以將切下組織做病理學檢查以除外惡變。缺點是顏面、鼻部、眼瞼等特殊部位或者皮損較大時，需要切除後植皮。
2、對色素痣的皮損較小、數量較多、無惡變者，可以考慮應用液氮冷凍、鐳射、電灼、微波等方法，這樣來的簡單、方便、經濟，但是病變組織在治療的同時就會被“凍冰死亡”或者“汽化、炭化”了，不能再做病理學檢查了。另外還需要操作者手法嫻熟，要嚴格把握好“火候”，過淺則容易復發，過深則留下瘢痕。
3、尤其懷疑有可能惡變的色素痣，儘量不要採取電灼、鐳射、冷凍、塗藥等方法。
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