尖銳溼疣臨床上雖然常見，但誤診情況並不少見，給患者帶來精神壓力、機體損害和經濟負擔。
尖銳溼疣的誤診有兩種情況：一種是將尖銳溼疣誤診為其他疾病，另一種是將非尖銳溼疣的疾病誤診為尖銳溼疣。臨床上前者誤診情況較為少見，但後者則比較常見。
尖銳溼疣的診斷主要根據在生殖器、會陰、肛門部位有乳頭狀、菜花狀或雞冠狀的增生物，多有不潔性交史，一般診斷不難。
但臨床上一些外生殖器增生性面板黏膜疾病如陰莖珍珠樣丘疹、陰莖繫帶旁腺增生、皮脂腺異位症（Fordyce 病）、女陰假性溼疣、扁平溼疣、鮑溫樣丘疹病、皮贅、尋常疣、光澤苔蘚、汗管瘤、生殖器癌等疾病誤診為尖銳溼疣。
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