精神發育遲滯在臨床上應與下列疾病相鑑別：
1、精神發育暫時性延緩：兒童慢性軀體疾病、病後虛弱狀態、營養不良、服用鎮靜藥物或環境不良、學習條件欠缺等，都可以造成兒童反應性呆滯、思維貧乏，容易被誤認為智力低下及精神發育遲滯。如果改善其生活條件及學習條件或身體康復後，其智力可迅速恢復。
2、癲癇：頻繁的癲癇發作及服用苯巴比妥、卡馬西平、丙戊酸類抗癲癇藥物，都可以使患兒睏倦、呆滯、類似智力低下。
3、兒童精神分裂症：也可以有學習成績低下、淡漠，對周圍環境接觸及適應不良，但大多數患兒並無真正的智力低下。
4、視、聽障礙，以致適應環境及學習困難：早年耳聾嚴重者常有語言發育障礙，不要把這些情況誤為精神發育遲滯。某些腦病所引起的失語、失用、失寫也影響學習及語言能力，但其一般智力良好。
5、兒童多動症：有注意力不集中，學習成績差，不遵守紀律，適應社會能力差等特點，類似精神發育遲滯，但檢查其智力常常在正常範圍之內，經督促學習成績可以顯著提高，服藥治療可以好轉，以上這些表現可以同精神發育遲滯相鑑別。
6、正常兒童中也有一部分言語能力、運動能力發育緩慢，但一般理解及適應環境的能力則仍正常，一旦功能發育，能迅速趕上正常兒童，在各個方面都不顯落後，與精神發育遲滯不同。
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