血尿的原因95％以上是由於泌尿系本身疾病所致，其中以腎小球疾病（急性腎炎、急進性腎炎、膜增生性腎炎、系膜增生性腎炎、局灶性腎小球硬化症等）、面板囊腫、多囊腎、結石（腎、輸尿管、膀胱、尿道結石）、前列腺增生、尿路感染性疾病（結核、腎盂腎炎、膀胱尿道炎、前列腺炎）及腫瘤（腎、輸尿管、膀胱、前列腺腫瘤）最為多見，還有一類腎血管的疾病可導致血尿。其他如凝血異常的疾病（特發性或藥物性血小板減少，血友病、壞血病等）、全身性疾病（再生阻礙性貧血、白血病、系統性紅斑狼瘡、皮肌炎、鉤端螺旋體病、流行性出血熱等）和鄰近器官疾病也可引起血尿。特別值得注意的是臨床上有的血尿查不出原因，因此一定要定期複查尿沉渣、尿細胞學分析、腎臟B超、膀胱鏡、靜脈腎盂造影等，隨訪直至明確診斷。
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