食管黏膜的鱗狀上皮，在損傷組織的修復過程中，如果由化生的柱狀上皮取代了受損食管黏膜的鱗狀上皮即形成了Barrett食管。研究表明Barrett食管不僅與GERD的症狀出現有關，而且與症狀持續時間亦有關，持續時間越長則Barrett食管發生率越高。
大量研究表明Barrett食管是發生食管腺癌的最主要因素。研究證實，Barrett食管患者患食管腺癌的危險性是正常人的30―60倍。發現食管腺癌中Barrett食管的發生率為100％。胃灼熱的頻率越高，與食管腺癌的相關性越大，胃灼熱持續時間>20年與食管腺癌的發生明顯相關，但與食管鱗癌或食營胃連線部腺癌無關。因而慢性胃食管反流不僅與Barrett食管有關，與食管腺癌亦有關。
有人把在 Barrett上皮基礎上發生的食管腺癌稱之為 Barrett食管腺癌。Barrett食管演變為腺癌的確切發病機制 目前仍不太清楚。
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