先心病外科治療不僅有一定的適應症，還要注意掌握手術時機，近來主張在學齡前(3―6歲)手術，這樣可不影響兒童學習，同時在早期手術給患兒帶來的心理體驗比較大年齡要少，對患兒的心理和生理的成長帶來的影響也較小。如因病變嚴重，不允許等待，可提前手術，但死亡率較高。
如果錯過了最佳手術時期，患兒可能遺留不同程度的其它器官損害，尤其是肺動脈血管的損害，如肺動脈高壓，嚴重的可能喪失手術機會。若在2歲以內，一些患兒可先作姑息性手術，待以後再作矯治手術。年齡過大，特別是30歲以上患者，因長期心臟負荷過重，較易造成器官不可逆的損害，此時手術危險性相應增大，術後多不能完全恢復正常。
先心病成年期矯治因併發症較多，身體康復慢，死亡率高，不如在兒童期矯治有利，這一觀點已被公認。手術時機由專科醫生決定。
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