小陰莖是指陰莖外觀正常，長度與直徑比值正常，但陰莖體的長度小於正常陰莖長度平均值2.5個標準差以上。陰莖的長度是指用手提陰莖頭儘量拉直，即相當於陰莖充分勃起時從陰莖頂到恥骨聯合的距離。成人一般以陰莖鬆弛長度不足3cm為小陰莖。
先天性小陰莖非常罕見，是一種陰莖海綿體發育不良畸形，陰莖體發育極差，僅黃豆或綠豆大小，多合併尿道下裂，是臨床極為頭疼的一種畸形。而我們常見的所謂小陰莖多數是隱匿性陰莖或肥胖性包莖，並非真正意義上的小陰莖。
隱匿性陰莖是一種常見的先天發育異常和畸形性疾病，當男嬰出生後，包皮與陰莖體龜頭粘連，陰莖包皮包繞著陰莖頭，到了3―4歲時，大部分兒童的包皮粘連吸收，能自行上翻，陰莖頭外露。如果此時包皮仍不能上翻或包皮口很細小，稱之為包皮過長或包莖。
而隱匿性陰莖，其陰莖體縮藏於會陰部皮下，凸出外面的只有尖尖的小包皮，呈鳥嘴狀。如果用手將陰莖面板向內擠壓，陰莖體就會顯露出來，但手稍一放開，陰莖體又回縮了。因此，有人把它叫做埋藏式陰莖。
隱匿性陰莖手術並不複雜，預後良好，手術效果非常滿意。關鍵在於正確診斷和鑑別診斷，一旦誤診，就會帶來嚴重後果，隱匿性陰莖與包皮過長和包莖處理可謂正好相反，包皮過長和包莖問題在於包皮長需要包皮切除，而隱匿性包莖卻是包皮外板短小，需要儘量保留，手術方法完全不同。筆者就曾見到有人把隱匿性包莖誤診為包莖進行包皮環切，導致包皮嚴重短缺，二次處理起來極為麻煩。
需要注意與隱匿性包莖相鑑別的還有肥胖性包莖，許多醫生將隱匿性包莖與肥胖性包莖混為一談，治療效果自然不滿意。肥胖性包莖是由於肥胖導致會陰部脂肪堆積，導致陰莖體埋藏與皮下脂肪內，隨著年齡的增長，肥胖性包莖可以自愈，無需手術。
有專家提出隱匿性包莖成年後可以自愈，確實成人隱匿性包莖多數陰莖體勃起後陰莖體和龜頭可以顯露，不影響性生活。但是，筆者曾見幾例青春期孩子的隱匿性包莖，勃起後陰莖體完全正常，但勃起消失後陰莖體仍埋藏於皮下，包皮內無陰莖體，且勃起時陰莖體常帶有較多的陰囊面板，這樣的孩子思想壓力極大，但此時矯治難度遠大於兒童期。故嚴重的隱匿性包莖必須手術。
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