一旦腦積水的診斷確立以後，就涉及治療方法的選擇了。腦積水是最簡單，最容易治療的疾病。但是同時也是最複雜，最難治的疾病。簡單來說，無論哪種腦積水都可以用分流手術方法來解決，但分流手術存在著一些固有的缺點。
首先，身體裡面終生攜帶分流管就是一件非常難以接受的事情。分流管在體內還有可能出現感染，一旦感染絕大多數情況下需要拔出分流管，否則感染難以治癒。這樣，病人花費很大，拖延時間很長。分流管梗阻，斷裂，老化等等，都要更換。
分流管安放時間過長，有很大的比例可出現裂隙腦室綜合症，病人顱內壓力高，症狀為間斷性頭痛，甚至認知障礙等。要解決這樣的問題，目前可選擇的最佳辦法是放置可調壓分流管。而第三腦室底造瘻手術是解決腦積水的最佳方法，其優點就是不需攜帶分流管，缺點是，此方法對梗阻性腦積水有效，對交通行腦積水療效不能肯定。
值得重視的是，很大一部分早期(一般為10年左右)做過的分流手術，有一部分屬於梗阻性腦積水。一旦分流管出現問題，首先要考慮是否可以做造瘻手術，如果造瘻手術可行，就可以拔出分流管了。還有一部分腦積水非常難以處理，稱為臨床難治性腦積水，需要長期的綜合治療，即使這樣也不一定能夠獲得好的結果。
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