治療鼻竇炎應從消除病因、保證鼻竇開口引流通暢、控制感染和預防併發症四個方面入手。根據病變程度的不同，選擇的方法也不一樣。總的來講，治療可以分為非手術療法和手術療法。
非手術療法包括全身治療和區域性治療。
全身治療以消除病因為主，同時輔以增強體質，加強營養，注意休息，鍛鍊身體，戒除菸酒，改善生活及工作環境，去除全身性慢性疾病。必要時應積極應用藥物治療，全身給予抗生素治療多用於治療急性鼻竇炎，以防轉為慢性，並可以緩解慢性鼻竇炎的急性發作及併發症的發生。如果伴有過敏情況，也可以加服一些抗過敏藥。
區域性治療
1、鼻腔用藥：最常使用的藥物為1％麻黃素生理鹽水滴鼻液，它價格低廉、應用廣泛，可以減輕鼻竇粘膜腫脹，開口通暢，使鼻竇內的膿液更容易流出來。應該注意的是，“滴鼻淨”一藥目前不主張長期應用，它可以引起藥物性鼻炎，使鼻堵症狀加重或不可逆。如果慢性鼻竇炎同時伴有過敏，鼻粘膜水腫較明顯，則可應用抗過敏的噴鼻藥，應在系統診斷後在醫師的指導下用藥。
2、穿刺沖洗：多用於治療慢性上頜竇炎。
3、正負壓置換法：適合於症狀較輕慢性全組鼻竇炎，尤其是兒童慢性鼻竇炎。
手術療法
如果成年人經非手術療法系統治療8周(兒童12周)以上，病情仍無好轉或CT顯示鼻腔鼻竇有不可逆病變，則考慮手術療法。
目前，功能性鼻內鏡下鼻腔鼻竇手術已經成為治療慢性鼻竇炎的發展趨勢。它是一種微創手術，在鼻腔內進行，它將傳統根治性大部或全部刮除竇腔內粘膜的破壞性手術，變為根據病變的程度，在徹底清除病變的基礎上儘可能保留鼻腔及鼻竇的正常粘膜和結構，形成良好的通氣和引流，促使鼻腔鼻竇的形態和生理功能恢復的功能性手術。
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