DTC手術的併發症包括：出血、切口感染、呼吸道梗阻、甲狀旁腺損傷（一過性或永久性低鈣血癥）、喉返神經損傷、喉上神經損傷和麻醉相關的併發症等。
國外資料顯示全甲狀腺切除術後，喉返神經損傷率為4.3％，雙側喉返神經損傷率為0.6％（其中半數患者行氣管切開），有症狀的低鈣血癥發生率為14.0％（永久性低鈣血癥為2.2％），術後出血發生率為8.0％，切口感染率為0.4％。手術併發症的發生率與術者經驗有關。
為儘量避免發生手術併發症，建議：術前做好充分的手術風險評估（如呼吸功能如何、是否存在呼吸道感染、聲帶是否正常、氣管是否受壓、是否伴發其它基礎疾病等）。術中做到切口良好暴露、注意甲狀旁腺和喉返神經保護，對氣管受壓軟化者應將軟化氣管被膜懸吊於胸鎖乳突肌或頸前肌群上，嚴重者應及時行氣管切開；如不小心將甲狀旁腺切除，確認後將切除甲狀旁腺組織切成薄片或顆粒，種植於術區範圍內的胸鎖乳突肌或帶狀肌內。
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