引起慢性腹瀉的原因以腸道感染最多見，其次是腸道腫瘤，其他有小腸吸收不良、非感染性炎症等因素，還有部分病例原因未明，常見的原因如下：
1、胃部疾病和腸內容物或膽汁返流入胃造成的腹瀉。
2、各種腸道疾病，如菌痢、克隆病、潰瘍性結腸炎、不全腸梗阻、腫瘤、消化不良、菌群失調等引起的腹瀉。
3、甲亢、糖尿病、腎上腺皮質功能減退等內分泌失常引起的腹瀉。
4、功能性腹瀉，如情緒性腹瀉、腸道易激惹綜合症。
5、某些腹瀉藥、降壓藥引起的藥源性腹瀉。
6、對魚、蝦過敏，食物中毒等引起的腹瀉。
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