功能性消化不良是一種常見疾病，臨床表現多樣，以中青年多見，症狀以上腹飽脹不適最常見，包括上腹痛、上腹脹、早飽、噯氣、食慾不振、噁心、嘔吐等，但無特徵性的表現，這些症狀可單獨或合併出現，且在病程中症狀也可發生變化。不少患者除具有上消化道不適症狀外，同時伴有失眠、焦慮、抑鬱、頭痛、注意力不集中等精神症狀。本病起病多緩慢，經年累月，持續性或反覆發作，不少患者有飲食、精神等誘發因素。
臨床上，多種疾病可以表現出消化不良的常見症狀，需進行鑑別診斷。
1、慢性胃炎：有進食誘因，受情緒影響小。
慢性胃炎的症狀也以上腹部不適、疼痛、上腹飽脹為主，常發生於餐後，或餐後加重，並伴有噯氣、早飽、食慾下降、上腹隱痛或灼痛、噁心嘔吐等，多規律反覆地發作，其症狀與體徵均很難與FD鑑別。但慢性胃炎症狀可有進食誘因，受情緒因素影響較少，部分患者有長期應用損傷胃黏膜的食物及藥物的病史。此類患者最好行胃鏡檢查，若發現胃黏膜明顯充血、糜爛或出血，甚至隆起糜爛及萎縮性改變，則應診斷為慢性胃炎。
2、消化性潰瘍：多為週期性和節律性發作。
臨床上，消化性潰瘍除典型的節律性上腹部疼痛外，也可以表現為上腹飽脹、噯氣、反酸、燒心、噁心、嘔吐、食慾減退等消化不良的症狀，且可多年反覆發作。但在消化性潰瘍患者，這些症狀多有明顯的週期性，多於秋冬及冬春季節交替時發生；也會有節律性，胃潰瘍多於進餐後半小時左右發作，十二指腸球潰瘍多於餐前空腹時發作，或夜間凌晨時空腹疼痛，與情緒等因素無明顯相關性。若有此類規律性腹痛，應行內鏡檢查，若能觀察到潰瘍病灶可明確消化性潰瘍的診斷。消化性潰瘍反覆發作可有併發症的發生，如黑便提示消化道出血，嘔吐隔夜宿食提示幽門梗阻，若伴隨腹肌緊張的體徵提示潰瘍穿孔，若伴隨報警症狀提示胃潰瘍惡變應及時行胃鏡檢查。
3、胃癌：常伴消瘦、乏力、貧血。
胃癌早期常無特異的症狀，但隨著腫瘤的不斷增長，影響到胃功能時會出現消化不良的類似症狀，在臨床上主要表現為上腹部疼痛或不適感、食慾減退、噁心、嘔吐等。但胃癌的發病年齡多＞40歲，會同時伴有消瘦、乏力、貧血等提示惡性腫瘤的所謂“報警”症狀。通過胃鏡檢查及活組織病理檢查不難確診胃癌。
4、糖尿病性胃輕癱：有糖尿病病史，胃排空延遲、自主神經受損。
糖尿病性胃輕癱是糖尿病胃腸神經病變常見的症狀。臨床表現為慢性胃炎、胃弛緩與胃瀦留，典型症狀為反覆的腹脹、早飽、厭食、噯氣、噁心、嘔吐、體重減輕，症狀通常在餐後較為明顯，嚴重者可於餐後數小時仍嘔吐大量食物，症狀持續反覆，不受情緒影響，症狀可進行性加重，多伴隨長期的糖尿病病史及糖尿病在其他系統的併發症表現。X線鋇餐和胃鏡檢查可無明顯黏膜損傷，但可有較多隔夜食物瀦留於胃內。胃排空的延遲、自主神經受損可診斷胃輕癱。
5、胃黏膜脫垂症：反覆間歇性上腹痛。
胃黏膜脫垂症最常見的臨床症狀是上腹部疼痛，並無消化性潰瘍的節律性或夜間痛的特徵，部分患者有腹脹、噁心、嘔吐、體重減輕等症狀。症狀可反覆，上腹痛由於脫垂間歇出現症狀亦可呈間歇性。本症抑制胃酸藥物不能緩解，但可因體位變換(左側臥位或床腳抬高)所緩解。診斷主要依靠X線鋇餐檢查示十二指腸球部有“蕈樣”或“傘狀”缺損陰影。
6、慢性肝損傷：有肝損害症狀。
慢性肝損傷是常見病，常無臨床症狀，部分患者可能會有乏力、噁心、食慾不振、腹肋脹滿等表現，多無上腹痛、上腹脹、早飽等消化不良常見症狀，後期發展成為肝硬化及肝癌風險高，嚴重威脅人類健康。這些患者可能會有飲酒、用藥、肝炎等既往病史，後期若發展為肝硬化，會有黃疸、肝掌、蜘蛛痣、腹腔積液、腹壁靜脈曲張等體徵，可與FD等鑑別。肝功能、腹部B超等可協助診斷。
7、慢性胰腺炎：油膩飲食後出現脂肪瀉。
輕度胰腺炎可無明顯臨床症狀或僅有輕度消化不良，而中重度慢性胰腺炎可有多種臨床表現，主要有反覆發作性腹痛、腹瀉、糖尿病等胰腺內外分泌功能不全以及併發症的表現。體徵表現為腹部壓痛與腹痛程度不相稱，多僅有輕度壓痛。因此與FD有時不易區別，但此類患者多進食油膩食物後腹痛及腹瀉發作頻繁，且腹瀉為脂肪瀉，可助鑑別。胰腺增強CT及磁共振膽胰管造影等可協助明確診斷。
8、慢性膽囊炎：油膩飲食後上腹痛明顯加重。
慢性膽囊炎可長期無症狀，也可出現反覆的上腹飽脹、噁心、噯氣等消化不良症狀，但多伴厭食油膩，症狀發生於進餐後，油膩飲食後症狀明顯加重，多為右上腹部或中上腹疼痛，可放射至後背部及右肩部，有時還有右肩背不適或在夜間或晚餐後右肩部疼痛等症狀，與消化不良不同。腹部B超、口服膽囊造影、CT等影像學檢查多能發現膽囊炎徵象，可與FD鑑別。
9、膽石症：多有相關膽囊結石病史。
多數膽石症患者並無臨床症狀，若合併有慢性膽囊炎症，可出現反覆的上腹飽脹、噁心、噯氣等消化不良症狀。但患者多有相關膽囊結石病史，且症狀與油膩飲食等相關，可急性發作劇烈腹痛，抗感染、控制油膩飲食有效，可與FD相區別。腹部B超、口服膽囊造影、CT等影像學檢查多能發現膽囊結石和(或)膽囊炎徵象，可與FD鑑別。
總之，FD是一種臨床常見病，其診斷主要依據對臨床症狀的分析及必要的用於除外診斷的輔助檢查。對這類患者的診治需要更為詳細的臨床症狀特點、伴隨症狀、病史及查體等資訊的採集，以甄別此類疾病，適當選用輔助檢查以鑑別診斷，最後確診疾病。
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