血清中轉氨酶ALT存在於肝細胞中，只要肝臟發生炎症、壞死、中毒等損害，ALT就會從肝細胞中釋放到血中。所以肝臟本身的疾患，包括脂肪肝，特別是各型病毒性肝炎、肝硬變、肝膿腫、肝結核、肝癌、肝豆狀核變性均可引起不同程度的ALT升高。膽道、膽囊及胰腺疾病、膽道梗阻也可以使ALT升高。臨床常見的有膽囊炎、膽道蛔蟲。肝膽管結石、膽囊及膽管腫瘤、壺腹周圍癌、先天性膽管擴張症、急慢性胰腺炎、胰頭癌及出血性壞死性胰腺炎。
藥物性或中毒性肝損害，以及藥物過敏都可引起ALT 升高，並常伴有淤膽性黃疸和肝細胞損傷。臨床上常用的抗生素如四環素、先鋒黴素、灰黃毒素、磺胺嘧啶;抗結核藥如異煙肼、對氨基水楊酸鈉、利福平、吡嗪醯胺;解熱鎮痛藥撲熱息痛、非那西丁;安眠麻醉藥氯丙嗪、利眠寧、安定;抗風溼藥;抗癌藥;心血管用藥甲基多巴;激素類甲基睪丸酮、苯丙酸諾龍、苯乙酸諾龍;口服避孕藥複方炔諾酮片(避孕1號)、甲地孕酮、炔雌醇;驅蟲藥血防846、阿的平、卡巴胂、酒石酸銻鉀;中藥斑蟊、蒼耳子、馬錢子、草烏、黃藥子等。有報導在用藥12-48小時即引起ALT升高， 4-1O天可達高峰，及時停藥後多在3周內恢復正常。
除肝臟外，體內其他臟器組織如心、腎、肺、腦、睪丸、肌肉也都含有此酶。因此，當心肌炎、腎盂腎炎、大葉性肺炎、肺結核、膽囊炎、鉤端螺旋體病、流感、麻疹、血吸蟲病、系統性紅斑狼瘡、甲狀腺機能亢進、糖尿病、惡性網狀細胞病、心力衰竭、風溼熱。消化性潰瘍、急慢性胃腸炎及尿毒症等病也可見ALT升高。正常妊娠、妊娠中毒症、妊娠急性脂肪肝也見轉氨酶升高。另外、劇烈運動也可見ALT 升高。由此可見，血清ALT升高的原因是多方面的，必須詳細詢問病史，做必要的理化檢查，並可結合甲、乙、丙、丁、戊型肝炎的特異性診斷和肝活檢來幫助診斷。
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