便祕從病因上可分為器質性和功能性兩類。
1、器質性病因
主要包括：
（1）腸管器質性病變：腫瘤、炎症或其他原因引起的腸腔狹窄或梗阻。
（2）直腸、肛門病變：直腸內脫垂、痔瘡、直腸前膨出、恥骨直腸肌肥厚、恥直分離、盆底病等。
（3）內分泌或代謝性疾病：糖尿病、甲狀腺功能低下、甲狀旁腺疾病等。
（4）系統性疾病：硬皮病、紅斑狼瘡等。
（5）神經系統疾病：中樞性腦部疾患、腦卒中、多發硬化、脊髓損傷以及周圍神經病變等。
（6）腸管平滑肌或神經源性病變。
（7）結腸神經肌肉病變：假性腸梗阻、先天性巨結腸、巨直腸等。
（8）神經心理障礙。
（9）藥物性因素：鐵劑、阿片類藥、抗抑鬱藥、抗帕金森病藥、鈣通道拮抗劑、利尿劑以及抗組胺藥等。
如果便祕無上述等明確病因，稱為功能性便祕（chronic functional constipation，CFC）。在有便祕史的人群中，功能性便祕約佔50％。
2、功能性病因
功能性便祕病因尚不明確，其發生與多種因素有關，包括：
（1）進食量少或食物缺乏纖維素或水分不足，對結腸運動的刺激減少。
（2）因工作緊張、生活節奏過快、工作性質和時間變化、精神因素等干擾了正常的排便習慣。
（3）結腸運動功能紊亂所致，常見於腸易激綜合徵，系由結腸及乙狀結腸痙攣引起，除便祕外同時具有腹痛或腹脹，部分病人可表現為便祕與腹瀉交替。
（4）腹肌及盆腔肌張力不足，排便推動力不足，難於將糞便排出體外。
（5）濫用瀉藥，形成藥物依賴，造成便祕。
（6）老年體弱、活動過少、腸痙攣導致排便困難，或由於結腸冗長所致。
便祕按發病機制主要分為兩大類：慢傳輸型便祕和出口梗阻型便祕。
1、慢傳輸型便祕
是由於腸道收縮運動減弱，使糞便從盲腸到直腸的移動減慢，或由於左半結腸的不協調運動而引起。最常見於年輕女性，在青春期前後發生，其特徵為排便次數減少（每週排便少於1次），少便意，糞質堅硬，因而排便困難。
肛直腸指檢時無糞便或觸及堅硬糞便，而肛門外括約肌的縮肛和用力排便功能正常；全胃腸或結腸傳輸時間延長；缺乏出口梗阻型的證據，如氣囊排出試驗和肛門直腸測壓正常。非手術治療方法如增加膳食纖維攝入與滲透性通便藥無效。糖尿病、硬皮病合併的便祕及藥物引起的便祕多是慢傳輸型。
2、出口梗阻型便祕
是由於腹部、肛門直腸及骨盆底部的肌肉不協調導致糞便排出障礙。在老年患者中尤其常見，其中許多患者經常規內科治療無效。出口梗阻型可有以下表現：排便費力、不盡感或下墜感，排便量少，有便意或缺乏便意；肛門直腸指檢時直腸記憶體有不少泥樣糞便，用力排便時肛門外括約肌可能呈矛盾性收縮；全胃腸或結腸傳輸時間顯示正常，多數標記物可瀦留在直腸內；肛門直腸測壓顯示，用力排便時肛門外括約肌呈矛盾性收縮或直腸壁的感覺閾值異常等。很多出口梗阻型便祕患者也合併存在慢傳輸型便祕。
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