常常有乙肝患者問醫生，我吃了核苷類抗病毒藥物，什麼時候可以停藥?有的患者說我吃了2年了，是不是可以停了?或者說醫生制定的療程是2年。其實這些都不準確，核苷類藥物本來就沒有一個固定的療程，乙肝抗病毒治療提倡個體化，每個病人的停藥時間需要看具體情況而定，部分病人是需要長期用藥的。需要特別注意的一點是，在抗病毒治療期間，一定要每隔數月複查HBV-DNA、肝功、乙肝兩對半，以便對治療效果進行評估。
綜合歐洲肝病學會，美國肝病學會，亞太肝病學會，以及中國大陸的肝病學會的乙肝防治指南，針對不同的病情療程不同。大致分以下幾種情況：
對於乙肝肝硬化患者，各大學會比較一致，因為疾病已經造成了肝臟比較嚴重的器質性病變，口服核苷類藥物抗病毒是需要長期用藥的，也就是說，不能停藥。因為停藥後如果病毒重新複製，病情反彈，後果是很嚴重，甚至引起肝衰竭。肝硬化患者抗病毒治療，肝臟的炎性病變和纖維化可以部分逆轉，失代償期肝硬化可以變得穩定，減少腹水、出血等情況。
對於治療前為“大三陽”的患者，HBV-DNA轉陰、e抗原發生血清學轉換(即大三陽變為小三陽)後，至少再用藥1年，總療程3年以上，可以考慮停藥觀察。對於治療前為“小三陽”的患者，提倡長期用藥，或者在HBV-DNA轉陰，乙肝表面抗原轉陰，表面抗體出現後停藥，但這種情況很難達到，所以基本需要長期用藥。即使是大三陽轉為小三陽的患者停藥後，仍然有復發的風險，因為核苷類藥物只能抑制病毒複製，且是對鬆弛型HBV-DNA抑制，而對超螺旋HBV-DNA不能殺滅。停藥後是否反彈取決於機體的免疫狀況，一旦免疫力降低，病毒可以再次複製起來。
總的說來，口服核苷類藥物傾向於長期治療，雖然肝病指南並沒有對所有乙肝患者建議長期治療，但是從臨床上觀察到的長期抗病毒效果和停藥後患者病情的變化來看，抗病毒效應能夠持續越久越好。
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