上圖是慢性乙型肝炎的自然是，整個過程包括四個階段，20歲以前為免疫耐受期，本階段的特徵是無自覺症狀，肝功能正常、B超無異常改變，機體處於免疫耐受狀態，沒有自身清除病毒的能力，此階段任何抗病毒治療效果均不理想，應該定期觀察，等待治療機會。20歲到30歲為免疫清除期，表現為間斷乏力、食納減少，肝功能反覆不正常、HBV-DNA反覆波動，B超可能有肝光點粗、脾大等表現，機體處於免疫活躍狀態，具有清除病毒的能力，此階段治療效果較好，可根據工作、生活及其他生理狀況選擇干擾素或核苷類抗病毒治療。
如果此階段為治療，經過機體的反覆清除，可能進入病毒低複製狀態，但這種情況不穩定，可再次出現反覆，另外機體自身的免疫清除是以肝細胞的反覆損害為代價的，在這種清除的過程中有些已經形成肝硬化或肝功能衰竭，也就是進入第四階段。
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