事實上，在人類的種群的開始，幽門螺桿菌就已經寄生在人類的胃中了。除非用抗生素的根除，幽門螺桿菌通常會伴隨人體一生。而它在人胃中的消失，僅僅是這20多年來的事情。在之後的研究中，布萊澤教授前瞻性的觀點得到了證實。
在2011年，一篇題為《停止殺死有益菌》的文章釋出於自然雜誌上，其中的一項大規模調查發現：缺少幽門螺桿菌的人群更容易患上哮喘、枯草熱以及面板過敏。並且，作者表示：『當幽門螺桿菌從人類的胃中消失後，人們更容易患上食道反流症，以及其併發症，比如巴雷特食管和食道癌。
不僅如此，這種細菌並不一定致病。根據印度金奈胃腸病學家Ramakrishna的調查，在印度人中，每10個人中就有7人感染有幽門螺桿菌，但絕大部分人並沒有任何疾病症狀，並且只有一小部分人患上了胃潰瘍。並且在老鼠實驗上發現，在胃中存在的其他微生物可以抑制由幽門螺桿菌產生的炎症。
該項研究釋出在《感染與免疫》期刊上，加利福尼亞大學的研究人員發現:胃中存在大量梭狀芽孢桿菌的老鼠在接種幽門螺桿菌後，炎症水平要低得多。這項研究的領導人凱倫・歐特曼表示(Karen Ottemann)：在小腸中的梭狀芽孢桿菌能夠降低炎症。可能就是類似的原理，胃中的梭狀芽孢桿菌能夠抑制幽門螺桿菌的致病機理。
雖然研究還未在人體上進行，但我們或許能夠做出這樣的假說：對於一部分患者，幽門螺桿菌的感染是一種結果――其原因是消化道菌群的失調，缺少了抑制幽門螺桿菌致病機理的其他微生物。微生物學家馬汀・布萊澤認為：“身體內菌落的組成的改變是造成一些人類疾病的原因。”並且他表示：“幽門螺桿菌可能是一個‘指示生物’，它發出提醒，告訴人們的腸道菌群發生了改變。”
誰需要根除?一些主流醫學的醫生遵循著這樣的原則：『測試-陽性-三聯療法根除』。但三聯療法(或四聯療法)畢竟是一種比較激進的治療方案，大量抗生素的使用可能會造成無法預料的失調。並且《臨床治療基本機制》雜誌上也有文獻表明：幽門螺桿菌的根除對非潰瘍性的消化不良沒有幫助。
《The Microbiome Solution》的作者Robynne Chutkan醫生表示：幽門螺桿菌對人體具有一定的保護作用，沒有必要的根除可能會導致食道炎甚至食道癌……在某些患者身上，食道反流症是根除幽門螺桿菌後常出現的症狀……幽門螺桿菌能保持胃餓激素的平衡，胃餓激素(ghrelin)是一種由胃腸道產生的激素能使人產生飢餓感，缺少了幽門螺桿菌的孩子可能更不知道什麼時候該停下吃東西……所以，我只建議存在胃潰瘍、胃癌或有明顯胃癌傾向的患者根除幽門螺桿菌。
《Townsend Letter》2013年釋出的了一篇指導：
『臨床醫生在檢測到幽門螺桿菌後會選擇去根除……但這種一旦檢測到就根除的方式可能對病人不是最好的，我們需要更加理性的指導。有一項廣泛的共識是：患有胃潰瘍、胃MALT淋巴瘤、早期胃部腫瘤以及和胃癌一級相關的病人需要治療。攜帶有胃幽門螺桿菌的患者需要檢查是否存在血小板缺少症、維生素B12缺乏症、缺鐵性貧血。
顯然，僅僅是幽門螺桿菌陽性不足以要求立即治療，除非有明顯的臨床表現表明了潛在的風險大於治療導致的損失。
怎樣治療?
《Townsend Letter》的文章表示：三聯療法是主流醫學的標準，但目前的根除率是70％左右，在經過一輪治療的患者中根除率更低。
幽門螺桿菌在低PH胃黏膜中的定植和抗生素耐藥性是造成根除失敗的主要原因。幽門螺桿菌形成的生物膜以及其細胞內的複製也可能導致治療的失敗。
該文章評估了多種治療方案，結果得出，在標準三聯的基礎上使用益生菌、抗生物膜酶、乳鐵蛋白、N-乙醯-L-半胱氨酸(N-acetyl-L-cysteine)以及槲皮黃酮能夠提高幽門螺桿菌的根除率，並降低抗生素帶來的副作用。
我個人在2013年經過三聯療法治療後，出現了嚴重的副作用，主要表現為IBS-C、食物過敏和不耐受，其次出現了許多腸外症狀，如頭暈、注意力不集中等。在14年8月開始的合理膳食後(排除麩質等致敏源，益生菌、維生素D以及腸道修復的膳食補充)，症狀才慢慢改善。如果再讓我選擇，我不會輕易地去殺死原本就在我體內的細菌。如果迫不得已，我會在用抗生素的同時使用高品質益生菌(與抗生素間隔2小時)，並在抗生素療程過後持續1個月。
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