海藻糖酶缺乏屬於二糖酶缺乏症臨床分類之一。本病又稱雙糖不耐受症，係指各種先天性或後天性疾病，使小腸黏膜刷狀緣雙糖酶缺乏，使雙糖的消化、吸收發生障礙，進食含有雙糖的食物時發生的一系列症狀和體徵。
1、藍氏賈第鞭毛蟲病：藍氏賈第鞭毛蟲病簡稱賈第蟲，主要寄生在人和某些哺乳動物的小腸內，為紀念本蟲的研究者A.雅爾和W.D藍布爾而命名，引起以腹瀉為主要症狀的藍氏賈第鞭毛蟲病。起初賈第蟲僅被視為一種共生性的腸道原蟲，自1976年以來世界各地相繼發生本病的流行，人們才認識到該蟲的致病性。本病多見於兒童和旅遊者，故又稱“旅遊者腹瀉”。如今賈第蟲病已被列為全世界危害人類健康的十種主要寄生蟲病之一。
2、小腸淋巴肉瘤：淋巴肉瘤多起源於腸壁粘膜下層中的淋巴組織，當病變沿著腸壁並向縱深發展時，向外可侵入漿膜層、腸繫膜及其淋巴結，向內則浸潤粘膜，使粘膜皺襞變平、僵硬。腸管可以狹窄亦可較正常稍寬，與正常腸管的分界不及癌腫明顯，一般無侷限結節狀腫塊或明顯的潰瘍形成。
3、小腸惡性淋巴瘤：原發於小腸的腺瘤，類癌、平滑肌肉瘤、淋巴瘤等惡性腫瘤。常見表現是梗阻、出血和穿孔。診斷較困難，需導線引導下小腸氣鋇對比造影及小腸內鏡和腸繫膜動脈造影術，方可診斷。
主要是限制飲食，禁食奶類及含有乳糖的食物。輕者牛奶限量，重者完全禁食，嬰兒可給無糖牛奶或加乳糖酶，蔗糖-異麥芽糖酶缺乏者應限制蔗糖攝入，必要時限制澱粉攝入。繼發性雙糖酶缺乏常為多種酶缺乏。小腸刷狀緣酶損害繼發於涉及腸道的其他疾病如成人乳糜瀉、淋巴瘤、小腸細菌過度生長、廣泛的Crohn 病等，治療原發病也許有可能恢復正常。
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