深部性頭痛多見於腦膿腫、腦炎、腦腫瘤，並向同側外部放射。深部頭痛主要是由於顱內血液迴圈及腦脊液迴圈障礙以及顱內壓增高，刺激腦血管和腦膜引起的。應與下面的症狀相鑑別診斷：
1、淺部頭痛
常是由於頭部各器官的疾病所引起的。鼻或鼻旁竇所引起的多為隱痛或鈍痛並常侷限於病竇部位;如中耳炎與外耳道癤腫等耳部疾病會引起耳部疼痛;眼部疾病引起的頭痛多見於眼球附近和後枕部的隱痛;屈光不正的頭痛則常為額顳部鈍痛沉重感;青光眼可引起劇烈的頭痛，初發時侷限於眼球附近，並伴有噁心嘔吐、視力減弱、瞳孔放大、眼壓增高等;牙齒疾病所引起的疼痛多限於齒部，為持續性、博動新疼痛。
淺表性頭痛預後良好，常在病因消失後自愈;深部頭痛預後較差，但在原發病控制後，頭痛也可消失。
2、反覆發作性頭痛
頭痛性癲癇是指以反覆發作性頭痛為癲癇的唯一表現，在癲癇中佔3.8%，多見於兒童及青少年，性別無明顯差異。起自突然的發作性頭痛，有的發作前有先兆，如情緒激怒，頭暈、噁心、眼前冒金花等。頭痛部位以前額部多見，其次為顳區、頂區、眼眶部。性質以搏動性痛最常見，也表現為脹痛、刺痛。
3、中度或輕度頭痛
顱內腫瘤亦稱腦腫瘤，其病因至今不明，腫瘤發生自腦、腦膜、腦垂體、顱神經、腦血管和胚胎殘餘組織者，稱為原發性顱內腫瘤。由身體其它臟器組織的惡性腫瘤轉移至顱內者，稱為繼發性顱內腫瘤。腦腫瘤是引發中度或輕度頭痛的只要疾病。
4、癲癇性頭痛
癲癇性頭痛，疼痛多較劇烈，多為深部的脹痛、炸裂樣痛，常不同程度地伴有嘔吐、神經系統損害體徵、抽搐、意識障礙、精神異常以至生命體徵的改變。
5、顱內頭痛
顱內頭痛是指外傷後發生的腦脊液瘻或腰椎穿刺，使腦脊液繼續從穿刺部位向脊膜腔外滲出過多，導致椎管內壓力下降，後顱窩疼痛敏感組織被牽拉向下而導致的頭痛。腰椎穿刺後出現頭痛常見。
6、功能性頭痛
功能性頭痛亦稱精神原性頭痛。主要包括神經衰弱、癔病、腦震盪後遺症、抑鬱症、更年期綜合徵。頭痛常反覆發作，以脹痛為主、部位不定、性質含糊、無一定規律，常在頭頂部有帽狀緊縮感，或前額到頸部牽拉痛，頭頂像有許多小蟲在鑽來鑽去的感覺。另外，常伴有頭暈、乏力、多夢、失眠、記憶力減退、思想不集中等症狀，病程長，時好時發。
7、偏頭痛
偏頭痛是反覆發作的一種搏動性頭痛，屬眾多頭痛型別中的“大戶”。它發作前常有閃光、視物模糊、肢體麻木等先兆，約數分鐘至1小時左右出現一側頭部一跳一跳的疼痛，並逐漸加劇，直到出現噁心、嘔吐後，感覺才會有所好轉在安靜、黑暗環境內或睡眠後頭痛緩解。在頭痛發生前或發作時可伴有神經、精神功能障礙。同時，它是一種可逐步惡化的疾病，發病頻率通常越來越高。據研究顯示，偏頭痛患者比平常人更容易發生大腦區域性損傷，進而引發中風。其偏頭痛的次數越多，大腦受損傷的區域會越大。
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