1、病毒性肝炎和肝硬化
乙肝病毒（HBV）、丙肝病毒（HCV）與肝癌關係密切，是肝癌發生的重要危險因素，肝癌高死亡率的地區，同時伴有HBV的高感染率。HBV感染可以直接導致肝癌，而不經過中間的硬化階段，儘管大部分病人都存在肝硬化。相反，HCV相關的肝癌總是起源於嚴重的纖維化或肝硬化。由酗酒和慢性活動性肝炎造成的肝硬化增加HCC的患病風險。
2、黃麴黴毒素性
目前普遍認為，黃麴黴毒素B可以促進HCC的發生。在肝癌高發區尤以南方以玉米為主糧地方調查提示，肝癌流行可能與糧食的黴變有關。黃麴黴毒素B1是動物肝癌最強的致癌劑。國內大量流行病學的研究發現，在肝癌的發生中高黃麴黴毒素暴露具有重要作用，應引起足夠重視。
3、飲水汙染
調查發現飲用溝塘水者比飲用深井水者肝癌的發生率高。溝塘水中有一種藍綠藻產生的水藻類毒素是一種強的致癌因素，是飲水汙染與肝癌發生的重要證據。
4、遺傳因素
在高發區肝癌有時出現家族聚集現象，尤以共同生活並有血緣關係者的肝癌罹患率高，提示肝癌具有遺傳傾向，也可能與肝炎病毒垂直傳播有關。
5、飲酒、吸菸
長期飲酒和抽菸增加患肝癌的危險性，特別是增加HBsAg陽性病人患肝癌的危險性。
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