流產的病因包括胚胎因素、母體因素、父親因素和環境因素。
1、胚胎因素：胚胎或胎兒染色體異常是早期流產最常見的原因，約佔50%-60%，中期妊娠流產約佔1/3，晚期妊娠胎兒丟失僅佔5%。
2、母體因素：
（1）全身性疾病：孕婦患全身性疾病，如嚴重感染、高熱疾病、嚴重貧血或心力衰竭、血栓性疾病、慢性消耗性疾病、慢性肝腎疾病或高血壓等，均可能導致流產。
（2）生殖器異常：子宮畸形、子宮肌瘤、子宮腺肌病、宮腔粘連等，均可影響胚胎著床發育而導致流產。宮頸重度裂傷、宮頸部分或全部切除術後、宮頸內口鬆弛等所致的宮頸機能不全，可導致胎膜早破而發生晚期流產。
（3）內分泌異常：女性內分泌功能異常（如黃體功能不全、高催乳素血癥、多囊卵巢綜合徵等），甲狀腺功能減退，糖尿病血糖控制不良等，均可導致流產。
（4）強烈應激與不良習慣：妊娠期無論嚴重的軀體（如手術、直接撞擊腹部、性交過頻）或心理（過度緊張、焦慮、恐懼、憂傷等精神創傷）的不良刺激均可導致流產。孕婦過量吸菸、酗酒、過量飲咖啡、吸食毒品等，均可能導致流產。
（5）免疫功能異常：包括自身免疫功能異常和同種免疫功能異常。臨床上可僅表現為自然流產、甚至複發性流產，也可同時存在有風溼免疫性疾病（如系統性紅斑狼瘡等）；少數發生在抗核抗體陽性、抗甲狀腺抗體陽性的孕婦。
3、父親因素：有研究證實精子的染色體異常可導致自然流產。但臨床上精子畸形率異常增高是否與自然流產有關，尚無明確的證據。
4、環境因素：過多接觸放射線和砷、鉛、甲醛、苯等化學物質，可能引起流產。
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