心臟神經官能症應該請醫學心理學、精神醫學專家參與治療或會診。在進行心理治療的同時，可以加用藥物治療相關精神和身體症狀。
治療方面首先要緩解患者的焦慮情緒，放鬆心情，充足睡眠。改善焦慮或抑鬱的藥物為治療心臟神經症常用的一線藥物，如西酞普蘭、帕羅西汀、氟伏沙明、美利曲辛等均可選用。也可選用小劑量的鎮靜藥物，如地西泮、艾司唑侖也可酌情短期使用。
對於心血管功能亢進症狀，如合併心動過速，可小劑量應用美託洛爾減慢心率。美託洛爾有中樞神經系統不良反應，如果失眠或失眠加重者，可選用阿替洛爾等非脂溶性的製劑。
心臟神經官能症患者長期處於緊張焦慮狀態，常常合併消化不良症狀，可應用調節胃腸道藥物，如阿嗪米特藥物治療。
當取得療效以後，不應該立即停止治療，以免容易造成復發，還給患者心理帶來顧慮，甚至喪失信心。應維持治療3到4個月以上以後，再逐漸減量，緩慢停藥，以免突然停藥引起“停藥綜合徵”。
上述藥物均需在專科醫生指導下服用，患者不可自行用藥。
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