體外碎石曾被用於膽結石的治療，但目前體外碎石已被禁止用於膽囊結石的治療，只在術中被用於擊碎難以取出的膽管結石，原因在於前者有可能帶來很嚴重的併發症，甚至威脅患者的生命。
首先，從膽道解剖結構來講，膽囊內的結石有可能自行經由膽囊管掉入到膽總管而導致膽道梗阻，出現黃疸甚至膽管炎的症狀，這是膽囊結石的一個比較嚴重的合併症，而較大的膽囊結石則不容易自行掉入，如果體外碎石將膽囊內較大的結石擊碎，這種細碎的結石反而更容易進入膽總管，增加膽道梗阻和膽管炎的發生風險。
再者，膽囊周圍有很重要的器官——肝臟，這是一種質地碎、柔軟的器官。從體外進行碎石治療，可能會損傷這個嬌嫩的器官。肝臟富含血管，一旦損傷後，可能會導致大量的腹腔內出血，從而出現生命危險。
因此，目前體外碎石已被禁止用於膽囊結石的治療，術中碎石治療則是在膽道鏡直視下將結石擊碎，然後通過取石網籃將結石完全取淨，這樣就不會出現結石阻塞膽管的情況。
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