功能性消化不良經治療後，症狀可以很快緩解，但會反覆發作，能否痊癒因人而異，主要和個人飲食習慣等有關，沒有確切時間。
功能性消化不良常表現為上腹脹痛、噯氣、食慾不振、噁心、嘔吐等症狀。輕症患者可以通過規律飲食，調節情緒等，逐漸緩解症狀。若症狀比較明顯，需積極尋找病因，如果由幽門螺桿菌感染引起，首先需通過聯合用藥來根治細菌感染，因此治療時間會延長。其次，經常飲酒或喜食辛辣食物者，治療的週期也會延長。
因此，一旦確診為功能性消化不良，需及時配合醫生進行治療，同時建立良好的生活習慣，戒菸戒酒。如有明顯的噁心、嘔吐、便血等情況，需及時去醫院進行胃鏡或者腸鏡檢查。
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