艾灸的最佳治療時間與患者病情有關，不可一概而論。
艾灸可以治療疾病、有養生保健、活血化瘀、溫經散寒的功效。若為平時做保健、保養，以及一般的疾病，艾灸的最佳時間是每天的早晨，因為在一天之中，早晨自然界的陽氣處於相對旺盛的狀態，在此時進行艾灸治療，對人體的作用最佳。部分特殊疾病，如失眠等，建議在黃昏時分或者是睡前進行鍼刺、艾灸效果最佳。若為急性起病，需要即時進行治療。
此外，在艾灸時要注意艾條距離身體要保持一定的位置，不要離得太近，以免燙傷，艾灸後不可立即用冷水洗手或洗澡，飯後一個小時內不要艾灸，身體出現感冒、發燒也不可艾灸。
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