血尿做為腎臟疾病診斷的重要線索和導致患者到腎內科就診的主要原因，訓練完整嚴密邏輯性強的診斷思維至關重要。
一、必須首先證實是否為真性血尿(排除陰道或直腸血的汙染)，或是不同原因所致的棕色、咖啡色，紅色尿等尿色的改變。避免經期或有陰道出血時留尿，可排除陰道血的汙染。問清有無痔瘡或結腸炎、痢疾等疾病教給病人正確的留尿方法可避免直腸血的汙染。判斷血尿應該以尿紅細胞計數為準，尿潛血僅供參考，二者不一致時需認真分析原因，必要時重複檢查。
二、明確是真性血尿後，接下來需要明確的是出血的部位，分清腎性血尿或非腎性血尿。尿3杯試驗可粗略瞭解血尿產生的部位，前段血尿(第一杯尿，排尿開始出現血尿或膿尿，後兩杯清晰)提示病變在前尿道，尿道炎等;終末血尿(第一杯尿和第二杯尿清晰，第三杯尿出現紅細胞)提示病變在膀胱頸和三角區或後尿道等見於膀胱結石或腫瘤、前列腺病變等。全程血尿或膿尿則病變在上尿路或膀胱，腎性血尿多為全程血尿。
尿三杯實驗僅僅是一種粗略的診斷，其準確性受多種因素影響，故需進一步用相差顯微鏡觀察尿中紅細胞形態，可鑑別腎小球源性與非腎小球源性血尿。由於紅細胞通過腎小球基膜時受到擠壓，造成破損，及正常腎小管記憶體在滲透梯度，尤其是髓襻外支粗段小管液低滲濃度使紅細胞發生裂變變形，故無腎小管間質損害的腎小球疾病患者尿中的紅細胞都是畸形紅細胞。
而腎盞、腎盂、輸尿管、膀胱或尿道出血,即非腎小球性血尿，在等張或高張尿中，其紅細胞的形態，大小絕大多數是正常的，僅小部分為畸形紅細胞。故通過相差顯微鏡觀察尿紅細胞形態並計算畸形紅細胞比率，對判斷是否為腎小球源性血尿有較大診斷價值，一般認為變形紅細胞率在75-80％以上者，腎小球源性血尿可能性較大。
但臨床中我們也發現，有時依靠尿紅細胞形態也能遇到一些頗為困惑的問題，如紅細胞。數量較少時，計算尿變形紅細胞比率往往變異較大，診斷價值不高，或有時尿紅細胞異性率略低於診斷標準但大大大於非腎小球源性血尿者，還有的情況是同一患者多次檢測結果差異較大等。
此外，特殊情況下當腎性血尿病情較重，血尿量大時，尿紅細胞形態異性率也有一定程度的下降，如初發的經腎活檢確診的IgA腎病患者表現為肉眼血尿時，尿紅細胞異型率竟然僅僅只有50％。鑑於以上情況，高繼寧教授認為，尿紅細胞位像檢查雖然確屬一種明確血尿來源的有效診斷手段，但絕不能過分迷信或簡單機械地使用，綜合臨床表現及各種微觀檢查結果始終是非常重要的。此外中等量以上的蛋白尿往往提示腎小球疾病，故當血尿伴有蛋白尿時，屬腎小球源性血尿的可能性顯著增加。
三、經過上述診斷過程，可初步判斷是否腎性血尿。若為腎性血尿，則進一步應該明確導致腎小球源性血尿的原發性疾病，而無需進行靜脈腎盂造影、膀胱鏡、逆行造影、CT、MRI等檢查，不但沒有臨床意義而且還會給病人帶來不必要的痛苦和經濟負擔甚至延誤診斷。此時，需根據病史和臨床表現進一步明確具體腎小球疾病的型別。
若為非腎小球源性血尿，則不必進行腎活檢腎活檢，而應通過腹部平片、靜脈腎盂造影、B超、CT、膀胱鏡及逆行腎盂造影、腎動脈造影等檢查，明確出血的部位及原發性疾病，此時和泌尿外科合作會診就非常重要。
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