下呼吸道感染通常是指肺炎和支氣管炎，與上呼吸道感染相比其病情重、危害性大，同時致病原分佈與上呼吸道感染也有很大的區別，病毒感染相對較少，基於以上特點抗菌藥物在下呼吸道感染的應用就顯得更加重要。
一、社群獲得性肺炎
（一）致病菌
社群獲得性肺炎是指在醫院外所獲得的肺炎。社群獲得性肺炎最重要的致病細菌是肺炎鏈球菌和流感嗜血桿菌，兩者合計大約佔到40 ％～80 ％。隨著國家與地區的不同，這兩種致病菌的分佈也有差異。這兩種細菌的生長條件要求苛刻，不易培養，如在採取標本前曾應用過抗菌藥物，陽性率會明顯下降，我國各醫院對它們的分離率都很低。並且，對於這兩種細菌，確切流行情況、地區差異、耐藥性等至今仍不清楚，是臨床工作者和微生物工作者共同面臨的問題之一。
最近，耐青黴素肺炎鏈球菌（PRSP）的增多引起了世界範圍的重視，在我國周邊的國家和地區，韓國、日本、臺灣、香港，耐青黴素肺炎鏈球菌的流行非常嚴重。如韓國在1995年，對青黴素不敏感的肺炎鏈球菌（PRSP+PISP）就已經達到了73 ％。
耐青黴素肺炎鏈球菌在不同的國家和地區分佈是不同的。澳大利亞、北歐及印度比較少見，我國與周邊國家相比，也是相對少見的。在歐洲，南歐的一些國家，耐藥率普遍較高。
我國青黴素用量非常大，但細菌的耐藥率卻比較低。目前對這一現象還沒有找到確切原因，據估計，這可能與我國醫生習慣應用高劑量的青黴素有關。因為青黴素低劑量應用或肌注，細菌很容易產生耐藥性。
兩年前，關於細菌耐藥性全國範圍的調查結果顯示，對青黴素不敏感的肺炎鏈球菌大概在20 ％左右。值得注意的是，肺炎鏈球菌的耐藥性在不同人群中有一定的差異，一般兒童耐藥率要高於成年人，健康人所攜帶的肺炎鏈球菌，耐藥率要高於病人分離出的細菌。特別是在幼兒園，兒童呼吸道分離出的肺炎鏈球菌耐藥率比較高，但在成人中，由社群獲得性肺炎的病人呼吸道分離出的肺炎鏈球菌耐藥率不是很高。
（二）抗生素治療
我國肺炎鏈球菌的耐藥率比較低。專家認為，目前我國PRSP尚不超過4 ％，但青黴素中介肺炎鏈球菌（PISP）增加很快。對於PRSP應首選第三代頭孢菌素或第四代喹諾酮，而對於PISP只要將青黴素的用量增大就可有效。
基於以上情況，也考慮到我國不發達地區的承受能力， 中華醫學會呼吸病分會仍將青黴素G列為社群獲得性肺炎經驗治療的一線可選藥物。
考慮到非典型致病原的流行情況以及新型大環內酯對流感嗜血桿菌活性的增加，建議社群獲得性肺炎可首選大環內酯。有的專家認為中國肺炎鏈球菌對大環內酯耐藥嚴重（40～50 ％），不應作為首選，但是大環內酯組織濃度遠高於血濃度，體外MIC的判斷標準是否能真正反應出體內療效，尚有待進一步研究。對老年或重症社群獲得性肺炎，作為經驗治療可選用大環內酯與β-內醯胺類聯合，其目的是覆蓋典型與非典型致病原。
對於重症病人、老年人、有基礎代謝疾病或肺炎表現得非常嚴重的病人患有社群獲得型肺炎的，主張內醯胺與大環內脂類藥物聯用。
二、醫院內獲得性肺炎
與社群獲得性肺炎相比，醫院內獲得性肺炎的致病菌主要為革蘭氏陰性桿菌（60～90 ％），其次為肺炎鏈球菌、金葡菌、厭氧菌、真菌、非典型致病原等。
（一）產ESBLs的革蘭氏陰性桿菌引起的肺炎
產超廣譜β-內醯胺酶（ESBLs）的主要細菌是肺炎克雷伯桿菌、大腸桿菌、陰溝腸桿菌等。而這些細菌也是醫院內獲得性肺炎的常見致病菌。ESBLs是質粒介導的，比較容易傳播。
我國目前已較好地監測了產ESBLs細菌的流行情況。一般來說，第三代頭孢菌素應用越早、越多的地區產ESBLs細菌的分離率也越高，肺炎克雷伯桿菌、大腸桿菌在10～45 ％左右。因此，第三代頭孢菌素即使體外敏感也不建議應用，第四代頭孢菌素一般不推薦使用，但尚有爭議。早期開發的β-內醯胺抗生素/β-內醯胺酶抑制劑敏感率不高，中介較高，但增大劑量尚可能有效。另外，還有一些新藥如頭孢哌酮/舒巴坦、派拉西林/三唑巴坦，對產ESBLs細菌的敏感效能達到60 ％以上。治療嚴重的產ESBLs細菌感染，如伴有休克的肺炎，伴有敗血症的肺炎等，提倡早期使用頭黴素類抗生素、碳青黴烯類抗生素。除以上這些藥物，對於產ESBLs細菌感染，還可以選擇β-內醯胺類抗生素以外的藥物進行治療。因為β-內醯胺酶，包括超廣譜酶，破壞的是β-內醯胺類抗生素，並不能破壞β-內醯胺類以外的抗生素，如喹諾酮、氨基甙等，所以可以選用非β-內醯胺類抗生素。
從上表可以看出，一些晚近開始應用的複合製劑如派拉西林/他唑巴坦、頭孢哌酮/舒巴坦等對產ESBLs的大腸桿菌和肺炎克雷伯桿菌的抗菌活性（MIC）還比較滿意，而應用時間較久的藥物存在著不同程度的耐藥情況。產ESBL細菌之所以對酶抑制劑耐藥，主要有兩個原因，其原因之一可能與ESBLs產量大而酶抑制劑劑量相對不足有關，此時，如增大藥量仍可能是有效的。另一個原因是酶抑制劑也屬β-內醯胺類抗生素，有些細菌可以產生專門破壞酶抑制劑的酶，而導致酶抑制劑失效。
（二）產AmpC酶細菌引起的肺炎
AmpC酶也叫頭孢菌素酶，因其可以水解頭孢菌素而得名。如果是產AmpC酶細菌引起的肺炎，治療起來可能比產ESBLs細菌引起的肺炎更困難。
陰溝腸桿菌中產AmpC酶或ESBLs菌株的分離情況（n=106）
上表是106株的陰溝腸桿菌分離情況。所有的革蘭氏陰性桿菌，都有產AmpC酶的能力，只是量的不同，用PCI檢測，結果可能都為陽性。但臨床上只把高產AmpC酶的細菌稱為產AmpC酶細菌，上表中誘導性AmpC酶往往是低產的。從這106株陰溝腸桿菌可以看出，單產ESBLs的有3株，佔2.8 ％；如果將產誘導性AmpC酶加上產ESBLs的細菌也看成單產ESBLs的細菌，產ESBLs的細菌加在一起就有11株，佔10.4 ％；單純高產AmpC酶的細菌有17株，佔16 ％；既高產AmpC酶，又產ESBLs的細菌有14株,佔到13.2 ％。兩種酶都不產的包括低產和不產的，有4株。
對第三代頭孢菌素或氨曲南耐藥的42株陰溝腸桿菌的產酶情況
細菌中，產ESBLs和產ESBLs加產AmpC酶的合計11株，佔26.2 ％；高產AmpC酶的17株，佔到40.5 ％；兩種酶都高產的14株，佔33.3 ％。
從以上結果可以看出，第三代頭孢菌素對產AmpC酶的細菌不敏感，應避免使用；第四代頭孢菌素與第三代最重要的區別是它對產AmpC酶的細菌有效，提倡使用；另外，碳青黴烯類抗生素和非β-內醯胺類抗生素均對產AmpC酶的細菌有效。
（三）產ESBLs或AmpC酶細菌的判定
將三組陰溝腸桿菌分別與不同抗生素進行體外抗菌活性實驗，結果顯示，第一組陰溝腸桿菌，對頭孢哌酮耐藥，對頭孢他啶中度耐藥，對頭孢美唑和頭孢哌酮/舒巴坦均敏感；第二組陰溝腸桿菌，對頭孢哌酮、頭孢他啶、頭孢美唑和替卡西林/克拉維酸耐藥，對頭孢哌酮/舒巴坦中度耐藥，對頭孢吡肟和美洛培南敏感；第三組陰溝腸桿菌，對頭孢他啶、頭孢曲松、頭孢西丁、頭孢哌酮/舒巴坦和頭孢吡肟耐藥，對伊米配能敏感。
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