便祕一般分為兩類：器質性便祕，是由各種疾病所引起的；功能性便祕，多為損傷、藥物以及不良生活、排便習慣所致。
臨床上所說的慢性頑固性便祕，指病程超過兩年，經藥物及各種非手術治療難以奏效，而需要手術治療者。原發性便祕指病因不清，治療困難者；繼發性便祕為先天性疾病損傷、藥物以及手術等引起的。
臨床上為指導治療而常用的分類如下：
1、直腸肛管出口梗阻型便祕：是由於各種原因導致盆底肌功能不良的頑固性便祕，多見於女性，表現為排便困難、排便不盡，服瀉藥常無效；重者，骶尾部墜脹。女性可伴有陰道或子宮脫垂，常需病人用手擠壓陰道或手摳出存在直腸末端的幹糞便。直腸指診，可感知肛管內壓力增高，直腸粘膜鬆弛、堆積，有的直腸前壁向陰道膨出。排糞造影和直腸壓力測定可確定診斷，顯示盆底肌功能不良，而結腸傳輸試驗正常。
這型便祕又分幾種情況：
①直腸前突：多見於女性，依據直腸向前方突出程度分為3度，即輕、中、重度，其中重度需手術修補。
②直腸內套疊：又叫直腸內脫垂，多因直腸過長，加之長期排便用力，使直腸粘膜與肌層分離。指診能觸到堆積粘膜，可經肛門行直腸粘膜結紮，但效果不持久。
③ 恥骨直腸肌綜合徵：與恥骨直腸肌痙攣性肥大有關。指診，肛管延長，肌張力增高；肛管壓力測定，靜息和收縮壓均增高；X線檢查存在"擱架徵"。可用恥骨直腸肌部分切除術治療。
④ 會陰下降綜合徵：為放射學診斷，上端肛管在恥骨聯合與尾骨連線處，若排便時低於2釐米，即為會陰下降。
2、結腸慢運輸型便祕：此型別，結腸運輸緩慢，盆底肌肉功能正常，臨床上表現無便意、便次少、腹脹；輕者口服胃腸動力藥有效，重者可行結腸次全切除，迴腸、乙狀結腸或直腸吻合術。但需要排除腸激惹綜合徵。
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