治療以抗真菌藥物為主，常用0.25％二性黴素B該藥球結膜下注射易致結膜壞死，臨床要特別注意)、金褐黴素眼膏、制黴菌素眼膏及10％大扶康、1％咪康唑、1％克黴唑等每日3-4次點眼，並全身應用抗真菌藥，皮質類固醇無論全身或區域性單獨使用均屬禁忌，由於本病多引起虹膜炎，須經常注意散大瞳孔。
穿透性角膜移植術是近年比較肯定的手術治療方法，其適應症主要是藥物治療無效，或角膜潰瘍穿孔，發生眼內容物脫出或繼發青光眼等嚴重併發症，為挽救眼球而採取的一種搶救性手術，由於真菌菌絲可垂直生長，加上真菌毒素、蛋白分解酶及可溶真菌的抗原作用，真菌菌絲可向深部生長，甚至侵入眼內，手術難以清除乾淨眼內的真菌，故術後常出現復發。因此對無手術適應症者，強調先行抗真菌藥物治療。
中醫認為本病多因溼熱所致，治療時要分辨溼熱的偏重，選用清熱祛溼藥，常用的方劑有磙溼湯、甘露飲等。此外，還採用中藥薰洗或霧化治療。
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