藥物可導致多種消化系疾病，而明確診斷藥源性消化繫系疾病則並非易事。因為，獲得明確的服藥史以及致病藥物往往比較困難，其原因是多方面的。
1、獲得明確服藥史的困難
不少患者難以回憶起有任何藥物治療的歷史，這在一些潛伏期較長的藥源性肝病、藥源性胰腺炎等較為突出。而實際上患者常在數週或數月前，因一些病情較輕的疾病（如上呼吸道感染、胃腸炎、癤、甲溝炎等）可能有過用藥史。此外，一些患者常因某種原因（如治療性病、性功能障礙等）隱瞞既往藥物治療的事實。這些忘記或隱瞞的藥物史可導致臨床上疾病病因診斷的偏差。但是有的時候，疾病來勢凶險，初診時即能提供明確的服藥史，這在藥源性暴發性肝炎或急性胃粘膜病變尤為明顯。因此，仔細查閱病歷記錄，或詳細詢問患者既往史、現病史及以往用藥史，對獲得明確服藥史有很大幫助。
2、明確致病藥物的困難
臨床上較常遇到以下情況，造成雖然患者有明確服藥史，但難以確定何種藥物的局面。
A、非處方藥物: 患者因經濟或其他原因服用了市售的非處方藥物（Over The Counter, OTC），卻未記入病歷。如感冒藥、退熱藥等均含有不同種類的非甾體抗炎藥，這些藥物均可導致藥源性胃腸損害或肝損害。
B、商品名稱: 隨著現代製藥工業的發展，許多公司可生產同一種藥物而冠以不同的商品名，患者可能被眼花潦亂的商品名或成分名所困擾而不能確定致病藥物。
C、容器無復標籤：盛放少量藥物的容器未貼藥名標籤，僅有諸如“片劑”或“合劑”之類的標記。
D、多個醫生診治一名患者輾轉多個醫院，尋求多名醫生診治的現象十分普遍。如果所用藥物在門診病歷上未做詳細記錄，將為尋找致病藥物帶來困難。
3、藥物的多樣性
患者在診治疾病過程中同時應用多種藥物並不罕見，尤其是住院期間用過5~10種不同藥物者更為普遍，這是致病藥物確診困難的原因之一。此外，某種藥物雖常引起消化系某一器官的損害，但在服用含有該藥組成的合劑時，前者並不必然就是致病因素。這時，某些體外試驗方法對識別致病藥物可能有一定的作用。
4、藥物與消化系疾病間的關係不明
如果臨床特點符合藥源性消化系疾病的診斷，但所服藥物（尤其是新近上市的新藥）一般教科書中未記載能引起特定的消化系疾病，就應從國內、外的有關醫學文獻中查閱。在一些藥物不良反應登記制度比較健全的國家，即可向國家登記處直接諮詢，亦可向有關製藥廠家設立的藥物不良反應機構彙報，從中可獲得有關的資料。
藥源性消化系疾病的治療
1、去除病因,及時停藥
對於藥源性消化系疾病來說，及時停藥無疑是去除病因的治本方法。對於大多數輕型病變，病程具有自限性，只要停用致病藥物，採用一般的支援療法就會使病情迅速停止進展而趨於痊癒。反之，若不及時去除病因，則病情常常進展惡化，甚至危及生命。若同時或先後應用多種藥物而無法確定致病藥物，應根據臨床資料和他人用藥經驗，首先停用最可疑藥；若無法查出致病藥物，可停用全部藥物。但是，由於治療疾病必須應用而不能去除時，應權衡利弊，根據原有疾病和藥物反應的特點做出選擇。
2、加強支援治療
加強支援治療對於藥源性消化系疾病的治療是十分重要的。積極補充液體、維生素和營養物質，維持水、電解質和酸鹼平衡，臥床休息，加強護理，解除心理負擔，使患者心情愉快，增強戰勝疾病的信心。
3、飲食治療
飲食治療有章可循，宜食用可口、清淡、易消化的食物，以流質溫食為宜。食管出血或嚴重狹窄、胃腸出血或梗阻應暫停進食，禁用有刺激性、難消化、質硬的食物。
4、對症治療
藥源性消化系疾病的對症治療與其它原因引起消化系疾病的治療原則相同。
5、抗過敏治療
因變態反應所致藥源性消化系疾病應採用抗過敏治療，如：維生素C、撲爾敏、息斯敏、苯海拉明等。
6、抗感染治療
對於大部分藥源性消化系疾病來說，無需採用抗生素預防感染。因抗生素、激素或免疫抑制劑等所致的偽膜性腸炎、真菌性腸炎，以及藥源性胰腺炎所致的繼發感染等應給予抗生素治療或抗黴菌治療。在此情況下，選用抗生素應注意以下方面：①根據細菌培養、藥物敏感試驗選用敏感抗生素。②若因使用抗生素所致病變，所選抗生素應儘量避免同類藥物或有交叉反應的可能。③應用時間不宜過久，選用種類不宜過多。
7、手術治療
藥物所致的食管狹窄併發症可反覆行內鏡下食管擴張術。食管嚴重狹窄可開胸作區域性切除術並做食管端一端吻合術。對併發食管大出血或穿孔者應儘早開胸作修補術。
當非手術治療對藥源性胃腸損害（如出血、潰瘍、梗阻等）治療無效時，或合併穿孔等外科併發症時應積極採取手術治療。手術方法包括修補術、病灶切除術、術中減壓、腹腔清理等。
對藥物所致出血壞死型胰腺炎經內科治療無效時，需手術治療。恢復期遺留的假性胰腺囊腫亦需要手術治療。
對藥源性胃腸道糞石，若經內窺鏡下碎石治療效果不佳時，亦可行手術治療。
藥源性膽石症在溶石或化石治療不能消除而臨床症狀持續存在，應考慮膽囊切除術。對藥物所致的良、惡性腫瘤則應儘早切除。
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