肛瘻一旦形成就沒有自愈可能，其主要原因有以下幾點：
1、肛門部不能靜養：膿腔不易粘合，排糞、排尿時，因括約肌收縮或因炎症刺激肛門括約肌，使肛門括約肌經常處於痙攣狀態。
2、內口的存在：膿腫雖然破潰或已切開引流，但原發感染源如肛竇炎、或肛腺感染依然存在，腸腔內容物還可從內口繼續進入瘻管。
3、管腔難以閉合：腸腔中的糞便、腸液和氣體繼續進入瘻管，刺激管壁，使管壁結締組織增生變厚，管腔難以閉合。
4、引流不暢：管道多在不同高度穿過肛門括約肌，括約肌收縮阻礙膿液排出，以致引流不暢。
5、容易出現新的瘻管：膿腔引流不暢，或外口縮小，時閉時潰，膿液蓄積腔內，導致膿腫再發並穿破而形成新的支管或瘻道。
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