1、吻合口瘻：這是食管癌術後的嚴重併發症，發生率為5％左右。其發生原因與吻合方式、吻合口有無張力、吻合口有無繼發感染、病人手術前的營養狀況等因素有關。目前各種方法均不能完全避免瘻的發生。吻合口瘻一般在術後4～6天發生，也可更遲。一旦發生，應及時、充分引流。
2、吻合口狹窄：多在手術後2～3周發生，也有遲至2～3個月後開始出現，病人主要有不同程度的吞嚥困難表現。吻合口狹窄與吻合方式、吻合口感染、吻合口漏及病人本身為瘢痕體質等因素有關，經檢查確診者，可進行食管擴張或腔內支架擴張，如效果不佳，還可行狹窄處切除，再次吻合。
3、肺部併發症：食管癌多數為年齡較高病人，常常有不同程度的肺部疾病，手術後因切口疼痛等原因，不願咳痰，造成支氣管分泌物瀦留，易併發肺炎、肺不張。一旦發生肺部感染，應加大抗生素用量，並作藥物敏感試驗及痰培養，以選擇敏感抗生素。給予化痰藥物以利痰液咳出，必要時行鼻導管吸痰或纖維支氣管鏡吸痰。
4、膿胸：由於正常情況下食管內有細菌存在，食管癌手術屬於汙染手術，術後可併發膿胸。膿胸的治療原則是行胸腔閉式引流及應用抗生素。
5、乳糜胸：胸導管為引流腹腔及部分胸腔淋巴液的解剖結構，伴行於食管附近，手術中有被損傷的可能。若腫瘤外侵明顯，損傷它的可能性更大。胸導管損傷表現為胸腔內引流出乳糜樣液體，引流量每日在500毫升以上。一旦確診乳糜胸，應行胸腔閉式引流，觀察1～2天，若無癒合跡象，即應再次開胸結紮縫合胸導管破損處，不宜拖延時間過長。
6、其他：如胃扭轉，胃瘻，膈疝，喉部神經損傷等，發生率很低，在此不作詳細介紹。
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