原發性肝癌病人中大約有70％是甲胎蛋白陽性的，對於另外的30％的肝癌病人，診斷肝癌時也可利用其他的肝癌標誌物。
其他的肝癌標誌物有：
1、G-谷氨醯轉肽酶同工酶II G－谷氨醯轉肽酶肝臟中存在的的一種和氨基酸的代謝有密切關係的酶系，用聚丙烯醯胺電泳的方法可將G－谷氨醯轉肽酶分為10餘種型別，這些酶由於功能類似故叫同工酶。在原發性肝癌時，同工酶I’、同工酶II和同工酶II’明顯升高，這些同工酶是肝癌所特有的，在其他各種肝臟疾病時不升高。
2、異常凝血酶原 凝血酶原是肝臟合成的、與凝血有關的物質。肝癌細胞可產生一種異常的凝血酶原（英文簡稱為DCP），這種異常凝血酶原在結構上其穀氨酸殘基沒有象正常的凝血酶原那樣得到羧基化，在功能上也不能被正常的凝血系統所啟用。因此在肝癌病人的血清中可以測到，雖然肝炎和肝硬化病人的血清中也可以測到，但和肝癌病人相比要低的多。因此，如果在血液中查到一定量的異常凝血酶原，可以幫助作出肝癌的診斷。
其他的肝癌標誌物尚有?-巖藻糖苷酶、酸性鐵蛋白等對肝癌的診斷都有幫助，不過這些肝癌標誌物因為特異性和敏感性低，臨床應用價值不如甲胎蛋白、G-谷氨醯轉肽酶同工酶II、異常凝血酶原的價值大。
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