多數肝臟疾病病因雖然明確，但治療起來是很困難的，如乙型肝炎病毒感染，目前為止只有抑制病毒複製的藥物，而沒有明確的清除病毒的藥物。因此在慢性乙型肝炎治療方面需要慎重，只有符合抗病毒治療指徵的患者才適宜進行抗病毒治療，因此所有的服藥和檢查的方案應該在謹慎和周密的情況下進行。丙型肝炎患者一般主張比較積極的抗病毒策略，因為丙肝患者是有治癒可能的，現在一線治療可以讓50％患者痊癒，而甲肝和戊肝患者治療主要是對症治療，沒有特異性的治療方案。
對於患有脂肪肝的患者很多醫生和專家建議應該低糖低脂高纖維素食物，且應該進行一定程度的體育鍛煉。但事實上很難操作，多數非酒精性脂肪肝患者與工作和生活習慣相關，在這些患者很難進行相應的改變。應用藥物進行阻止脂肪肝的進展是目前的研究熱點，但還缺乏統一的結論，一些中藥治療有一定效果，如水飛薊賓有比較明確的對脂肪肝患者抗纖維化作用。
酒精性肝病患者應該及時戒酒，以免引起進一步的肝臟損傷，一般來講，每日飲酒男性不超過20g(約合50度白酒50ml或12度紅酒200ml)，女性不超過10g(約合50度白酒25ml或12度紅酒100ml)都是比較安全的，甚至有益於身體健康，一次大量酗酒或每日飲酒量超過40g(約合50度白酒100ml或12度紅酒400ml)，飲酒時間超過五年，或兩週內每日飲酒量超過80g(約合50度白酒200ml或12度紅酒800ml)則可能會造成肝臟損傷。
自身免疫性肝病患者逐漸增多，但並非所有的自身免疫性肝病患者均需要應用激素治療，只有那些具備治療指徵的自身免疫性肝炎的患者，應用激素治療才會獲得較好的療效。而原發性膽汁性肝硬化早期患者，主要應用熊去氧膽酸治療，如果效果理想則不會影響患者壽命，一旦患者進入失代償肝硬化階段，藥物治療一般效果不佳而只能通過肝移植治療好轉。當進展至肝硬化階段的自身免疫性肝病患者，常常只能依賴肝移植治療。
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