干擾素尤其是長效干擾素有限療程治療，能實現較高的e抗原轉換率與表面抗原清除率，且停藥後應答持久，被權威指南，例如2015年亞太肝病學會指南推薦為實現停藥後持久應答的一線用藥。不過，在臨床實踐中仍有部分患者經長效干擾素治療療效不佳，碰到這種情況，應當在應用一段時間後分析和總結一下，找到造成療效不佳的原因，或排除問題繼續應用，或改變方案聯合其他藥物，或停止應用，這些都要和醫生商量，然後定奪。
引起長效干擾素療效不佳的常見問題是不能遵循醫囑用藥，排除遺漏等原因，主要是因為不良反應影響應用。如果存在這種問題，應及時與醫生溝通，請醫生給與針對性的處理，一般經過處理患者都能堅持治療。
根據這些研究的結果，建議在長效干擾素治療24周時應對療效進行評估，並且對不同療效的患者給與不同的處理：干擾素治療HBeAg陽性患者24周時，如表面抗原定量下降至≤1500 IU/ml，繼續治療至48周。對48周發生e抗原血清學轉換且表面抗原定量持續、明顯下降至250 IU/ml以下者，可延長治療至72周或更長，爭取實現表面抗原清除；對48周仍未發生e抗原血清學轉換的患者繼續延長治療至72周。
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